劉毅奏稱江州處於要衝，與揚州、豫州聯爲一體，是京師的屏障。盧循禍亂之後，江州糜爛，百姓寥落無幾，交通不便，如今燕國已平，胡人難以寇江，應將江州州府與軍政分開，厲行簡易仁愛之政，減輕百姓負擔。
琅琊王因劉裕權柄太重，巴不得有人分權，以天子名義准奏，命衛將軍、豫州刺史劉毅督江州事，移鎮豫章，江州刺史庾悅歸劉毅統轄。
劉毅將鎮所遷至豫章，庾悅的好日子便到了頭。當初劉毅住在京口，尚未入仕，與親友到東堂射箭，恰逢司徒右長史庾悅要用射場，衆人只得避走，唯有劉毅不走，依舊留在東堂射箭。
庾悅隨行帶着廚師，烹飪美味，劉毅見到上前索要烤鵝，被庾悅斷然拒絕，劉毅記恨在心，一直想要報復。
到任豫章後，劉毅命部將趙恢率一千兵馬進駐潯陽，左一道命令右一道公函，讓江州三千文武官吏疲於奔命。即使如此，劉毅對江州事務吹毛求疵，前往潯陽斥責的公文不絕於道，最後劉毅下令庾悅前來豫章聽訓。
庾悅知道劉裕是公報私仇，既氣又懼，到豫章後背上生疽，病逝。劉毅順勢上奏朝廷，請加授江州刺史之職，天子准奏。
劉裕冷眼看着劉毅興風作浪，此時的劉毅已經不放在他心上，只待時機成熟，劉裕自信隨時可以平滅他。
真正被劉裕視爲對手的是雍兗刺史楊安玄，楊安玄身爲雍兗刺史，梁州刺史楊思平、北青州刺史楊孜敬是他的叔輩，司州刺史魯宗之曾是其麾下，司州更被楊安玄的親信架空，亦如同楊安玄的治下一般。
劉裕與劉穆之多次對兩家實力進行過對比，兩人都認爲只比楊安玄略勝半籌。
所佔的地盤劉裕多於楊安玄，但江南這幾年戰事不斷，百姓死傷、逃亡嚴重，兩家治下的百姓應該差不多，近期劉裕正準備從北冀州遷移原南燕的百姓南下，充實徐州、揚州。
雖然劉裕對北府軍的戰力充滿自信，但卻絲毫不敢小覤雍州軍，特別是雍州軍展現出的軍械明顯優於北府軍，輕騎的數量應該也遠在朝廷兵馬之上，同等數量的兩軍對仗，劉裕還真不敢說會贏。
與盧循水師交戰，劉裕俘獲了六艘“八艚艦”，獲悉了水密艙的祕密，當初沈田子鑿船不沉的原因找到了。
劉裕下令水師改造船艦，此次與變民軍爭鋒，暴露出朝廷水師不少漏洞，要及時修補，希望將來有能力在水上與雍州水師爭雄。
楊家犁、斬鐵刀、水密艙船，這些技術讓劉裕深感不安，他奏請天子重設將作大匠(1)，設監一名，秩二千石，與九卿同列，少卿兩名，官吏若干；除掌宮室、宗廟、陵寢等土木營建外，執掌天下匠人，選拔能工巧匠爲官；命沈田子執掌諜報司，主要的任務是刺探雍州軍械的祕密，打聽雍兗之地的情報。
有感於爭戰致使各地凋敝不堪，百姓或亡或逃，很多郡縣的百姓比起二十年前僅有十之三四。劉裕奏請天子把俘獲的變民軍安置在廣陵、京口以及三吳一帶屯田，將無主的田地拿出來授於逃亡山中的百姓，凡入籍者每丁授田五十畝。
要戰勝楊安玄，就要藉助皇權推行仁政，收攏百姓民心。與劉穆之、劉敬宣等人多次商討後，劉裕雄心勃勃地要進行一系列“改革”。
「注(1)：將作大匠，不常設。」