京察嘛，搞掉一些對方的人，換上一些自己的人，這是正常操作，大家都是很清楚的。只不過高務實做事對於他們而言有時候顯得太過天馬行空，很難抓住他的意圖來進行相應的準備。
申時行傾向於認爲高務實打算在南京官場動大手術，換言之就是把南京的實權拿到手。
雖然說京察主要針對的是四品以下官員，南京六部的堂上官們是直接找皇帝交自陳，最終由皇帝決斷誰留誰滾蛋，但實際上四品以下官員掌握實權的並不少。
與絕大多數朝代不同，有明一代是正式實行“雙京制”的。衆所周知，南京作爲中國歷史上少有的十幾個政權定都的城市，其地理優勢不言而喻。
朱元璋起兵之時就對南京的優勢非常清楚，他前期的謀臣馮國用就曾建議朱元璋先定金陵，曾向朱元璋建議：“金陵龍蟠虎踞，帝王之都，先拔之以爲根本。然後四出征伐，倡仁義，收人心，勿貪子女玉帛，天下不足定也”。
由於當時江浙的經濟優勢冠絕南方，所以佔據南京就等於擁有了江浙的財富根基，因此朱元璋也能夠在處於四戰之地的情況下游刃有餘，掃平了陳友諒、張士誠，進而北伐中原。
但是這並不代表朱元璋對定都南京是完全滿意的，其實在朱元璋的心裏，南京過於偏安一隅，不能夠穩定全國，一直有所謂“以金陵爲南京，大梁爲北京，朕於春秋往來巡守”的想法。
不過等到洪武十一年，朱元璋經過深思熟慮之後認爲，大梁也就是開封由於地理位置是四戰之地，並不適合成爲都城，但朱元璋從未放棄過尋找新的都城，他的目標有三個：“洛陽、西安、北平”。這三個城市各有優勢，不過朱元璋還沒來得及做好決定就駕崩了。
朱棣發動靖難之役奪取皇位之後，幾乎立刻開始考慮遷都問題，原因也很簡單，畢竟北京是自己的“龍興之地”，所以他非常的想給自己的承繼大統加上一個合理的理由，所謂“自昔帝王，或起布衣，平定天下，或外藩入承大統，而於肇跡之地，皆有升崇。”
另一方面，北京地理位置更加利於對抗蒙古、控制北方，所以朱棣決定遷都。到了永樂十八年，北京宮殿營建完畢，朱棣徹底決定遷都北京，而改南京爲留都，但是這並不代表明朝從此就把北京當成唯一的都城了。
朱棣死後，明仁宗朱高熾一度想要遷都回到南京，後來明宣宗及時叫停，從此北京的地位纔開始穩固。
都城遷了，但並不代表機構也完全搬過來了。當時的情況是南京的衙門由於在遷都過程之中還得審理案子，維持全國運轉，所以就沒有裁撤，而遷都完成之後南京衙門就沒用了，所以永樂後期南京的六部前面全部加上“南京”二字，這樣也就形成了明朝獨具特色的南京六部。
南京的六部相比北京的六部，其實看上去也沒差太多。根據大明朝廷的制度，六部各設有尚書一人、左右侍郎各一人，都察院設有左右都御使、左右副都御史、左右全都御史，下轄十三道監察御史一百一十人。
這些機構南京也是有的，但與北京六部仍有區別：南京的六部是沒有左侍郎的，吏部的衙門也沒有員外郎，南京都察院也沒有左都御史。
但是這並不代表南京的衙門就不重要了，作爲鞏固大明帝國陪都的系統，南京六部在關鍵時刻還是能發揮作用的，至少直接就能接管半壁江山，可見平時大家都認可“南京管理南方”這一思路。不過平時南京的最高行政機構卻不是南京的六部，而是南京的“守備會議”。
南京平時是設立一個守備的，作爲替天子看守南京的存在，南京守備大部分都是王公大臣，其中絕大多數時候由魏國公出任。而由守備、參贊、內守備等官組成的守備廳會議，則是南京最高權力所在。
這個組成有一定的制度性，其中南京參贊機務是南京兵部尚書兼任的，所以南京兵部尚書也是南京六部裏面作爲特殊的存在，它確實是有實權的，而且實權很大，所謂：“故其職視五部爲特重雲”。
北京六部裏面吏部尚書被稱爲“天官”，可以掌握四品以下官員的升遷任免，對於更高級官員的任免、調整，天官也有極強的建議權。但是南京六部裏面則以南京兵部最強，可以掌握南京地區所有的軍隊訓練和守備軍費，也就是說南京兵部尚書在關鍵時刻可以調動軍隊支援北京。
不過南京的六部畢竟是陪都的六部，實際上無論幹什麼都得被北京六部牽制。比如說南京的禮部想要舉行祭祀活動就得先請示北京禮部；南京吏部的官員選拔被北京吏部掌握；南京戶部的財政雖然自己去收，但收完之後得上交給北京戶部……諸如此類。
所以實際上也有不少南京官員感覺很憋屈，畢竟雖然名字差不多，官員地位按理說也一樣，但是實際上北京官員是正妻，南京官員只能算妾侍。
申時行的看法是，高務實可能會利用南察掌控南京六部實際管理各項事務的郎中、主事們——與北京六部一樣，尚書、侍郎不可能親自管理到具體細節，細節事務的管理權都在各部各司郎中和主事的手上。
郎中正五品，主事正六品，都在南察的範疇之內。在申時行看來，高務實要直接換掉南京六部的堂上官還是很難的，但如果只是換一些郎中、主事之流，在祭出了海剛峯之後，那就完全可能辦到，而這樣也能實際掌控南京的行政體系——反正尚書侍郎們在大事上也得聽北京的，這麼做等於把南京六部架空，上下兩不挨。
至於守備會議，南京守備勳臣是高務實捧起來的魏國公徐邦瑞，南京內守備是陳矩的人，僅剩一個南京兵部尚書又是個中立派，高務實不必插手也不會壞他的事。
不過王錫爵的觀點和申時行卻不同，他認爲高務實不會“全面開花”，而一定會有所側重。這個側重，王錫爵認爲十有八九會是在財政問題上。確切的說，很可能應在南京戶部頭上。
南京戶部也是有一定實權的，它負責徵收南直隸以及浙江、江西、湖廣諸省的稅糧，同時還負責漕運、全國鹽引勘合。