如原歷史上記載最爲明確的賜尚方劍，就是從孛拜之亂時賜予魏學曾尚方劍。《神宗實錄》的原文是這樣的：“……並賜魏學曾尚方劍斬臨陣不用命者以肅軍法。上切責學曾討賊數月未平，致虜助逆，威令不肅，諸將生玩其間，復有希功忌能觀望之念。以方用兵，姑與更新，賜學曾劍一口，將帥不用命者軍前斬首。”
之前多次說萬曆帝有個特點，就是一旦決定用人，給權方面絕不含糊，而且不會因爲早期失利而動搖。除非此人拿着大權而長期辦事不利，那纔會引得皇帝震怒，然後該罷的罷，該殺的殺。
高務實以往出征也有獲賜尚方劍的時候，但權限同樣是被限制在武將之內，所以朝中文官沒有表示什麼不滿，就像歷史上平孛拜的魏學曾一般。
後來賜尚方劍就開始變多了，三大徵時的文官主帥幾乎全都被賜了尚方劍。如平楊應龍時的總督李化龍、朝鮮經略邢玠等都在其中。當然萬曆末年獲賜尚方劍的大臣中最出名的大概是楊鎬，由於這事過於出名，應該不必贅述。
不過萬曆朝賜尚方劍好歹都是真碰上了大事，要打大仗，需要調動多方兵馬於一人麾下，因此賜尚方劍倒也好理解。然而事情發展到明末就有些不對勁了，尤其是聖天子崇禎帝，賜劍搞得跟賜大白菜似的，終於導致了一個直到後世都爭論不休的事，便是袁崇煥殺毛文龍。
其實袁崇煥殺毛文龍這件事，本質上就是“尚方劍權限”的界定問題。換句話說，就是袁崇煥手裏的尚方劍到底能不能殺毛文龍——問題不在於殺得對不對，而是能不能。
正是由於尚方劍的特權沒有明文規定，因此事實上每一把下賜的尚方劍權力都不一定相同，具體要看皇帝聖旨中是怎麼說的。
在袁崇煥殺毛文龍之前，能夠看到記載的尚方劍特權大致區別不大。萬曆末年楊鎬的尚方劍，一開始是有人爲楊鎬申請賜劍，當時官方記載的是“總兵以下不用命者得以軍法從事”，不過皇帝對這次申請雖然批准，但後來賜予尚方寶劍時的授權說明則改爲“將帥以下有不用命者先斬後奏”。
雖然前提都是“有不用命者”，但是範圍從“總兵以下”改成了“將帥以下”，權利由“軍法從事”改成了“先斬後奏”。楊鎬的這一把尚方寶劍，在授予“先斬後奏”的權利，並指出“不用命者”這個前提時，還使用了好大一段文字，從當時的背景和君臣往復陳述來表明什麼叫“不用命者”——事實上主要針對的是貪生怕死和做逃兵兩類。
天啓初年熊廷弼的尚方寶劍，官方記載的申請文字是“……甲辰上諭：閣臣請以經略尚書熊廷弼奉命專征，宜重事權，兼隆禮數，除專敕外加賜敕書一道，尚方劍一把，將士不用命者，副總兵而下先斬後奏”。
袁應泰的那把，則多了一個可先斬後奏的前提。因爲他是先向皇帝道過苦水，說人心散了隊伍不好帶。於是皇帝稍諭安慰，賜尚方寶劍說“將帥以下有違節制、不用命者先斬後奏”，依然包含“不用命”這個前提，但是多給了一個“有違節制”。
那麼這裏第一個問題來了，“將帥以下”到底是個什麼範圍？其實就是總兵以下——沒見過哪位參將被人稱作大帥吧？
毛文龍當然是總兵，而且不僅僅是總兵。總兵只是事職，更關鍵的是毛文龍的經制官已經做到頭了——他是左都督，武將頂級。除此之外更弔詭的是，毛文龍自己也有一把尚方劍！
尚方劍對尚方劍，按說那不是一回事嗎？然而真不是，文官袁崇煥請出尚方劍，當着毛文龍麾下一大批驕兵悍將的面，面色淡定地殺了他們的主帥。
全場沒有人敢跳出來反對，甚至連毛文龍自己都沒敢動，就這樣任由袁崇煥生生斬了！
是不是有點背脊生寒？但是，這就是文官，就是法度未廢時的文官。
文官殺武將如殺豬狗，朝廷諸公不會有什麼異議，然而莫名其妙的是在袁崇煥上疏向朝廷報告此事並表示引罪之後，崇禎居然對這樣的行爲表示了認可：“……卿能周慮猝圖，聲罪正法，事關封疆安危，閫外原不中制，不必引罪。一切處置事宜遵照敕諭行，仍聽相機行。”
殺得對不對，後人各有論斷，但崇禎帝認爲袁崇煥有這個權力殺，這算是官方定性。至於定性得準不準，導致了什麼嚴重後果，其實都是題外話了。反正後來到了楊嗣昌去剿賊時，他乾脆自己給自己定了規矩，說總兵“不用命”也不殺，只奪帥印以一副將代之——可見袁崇煥殺毛文龍捅了多大的簍子，造成多嚴重的影響，以至於另一位頂級文官要自己給自己限制權力。
衆閣老歷史精熟，各種制度亂熟於胸，都能從自己需要的立場來找到理由。
許次輔道：“前朝俱無此濫權者也，我朝何獨之？”
吳閣老便道：“經略蒙元乃二祖列宗之所望，天下中興在此一舉，敢問前朝可有故事以擬耶？”
爭到後來申時行終於打了圓場，一如既往地和稀泥道：“諸公各有其理，何不變通一二？我意督撫不用命者，立解其兵柄，簡一監司代之；副使不用命，立摘其烏紗，簡一屬官代之；餘者悉以尚方劍從事，如何？”
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