朱翊鈞也不覺得舒應龍本人會和倭寇有什麼勾結，因爲這太不合常理了。且不說什麼文人士大夫忠君愛國之類，就說舒應龍作爲漕運總督，其工作範疇與倭寇八竿子打不着，勾結倭寇對他有何意義？
若說江南沿海某些官員的家庭早年或許參與過一些與倭寇相關的活動，那其實還好理解，畢竟倭寇之亂的實情是什麼，高務實早就和他說過，不過現在也不好追究了。而舒應龍是廣西全州人，那地方在桂北，緊鄰湖廣永州(今湖南永州)，離海千里，所以他的家庭環境也可以確保他早年就和倭寇毫不相干。
當然，如果非要說他有接觸倭寇的機會，那倒也不是完全沒有可能，畢竟他早年做過東莞縣令，後來還一直做到廣東布政使，之後才調任貴州巡撫，然後總督漕運。其在廣東的那些年裏，他還是有機會與倭寇接觸的。
但根據高務實前幾年的報告，以往常去兩廣的倭寇與常去福建的倭寇幾乎都是同一撥(但分很多股，互不隸屬卻有勾連)，而那一撥倭寇被京華掃蕩過後，最終與京華打了一場閩海海戰。
此戰倭寇大敗，力量基本損失殆盡，剩餘一些手上沒沾過血且屬大明戶籍的假倭經過辨別遴選，部分被京華吸收，然後派去了東番(臺灣)開荒。
換句話說，即便舒應龍在廣東接觸過倭寇，他接觸的那些人要麼已經葬身魚腹，要麼就去享受瘴氣了，不可能是此次劫掠漕船的倭寇。
除了這些之外，皇帝更滿意的就是周詠這種不攀扯的態度。朱翊鈞早前曾與高務實說好，前線打仗的事交給高務實，後方穩定的活他皇帝陛下包了。既然後方穩定都是他的活，那現在漕軍出了這麼大的變故本來就有點糟糕，如果還因此大肆牽連攀扯，只會造成更大的動盪，到時候一旦影響前線作戰，他到時候面對高務實怎麼說呢？
作爲皇帝，他或許不必擔心高務實衝他發怒，但人總是要臉面的，自己前腳剛答應得好好的，後腳就出了大麻煩，皇帝陛下不要面子啊？
另外，申時行作爲首輔，剛纔提出的觀點雖然與朱翊鈞的心思本不太相符，但現在經過周詠這麼一說，忽然又似乎有道理了，甚至可以稱得上是老成謀國之言。
朱翊鈞做了這麼多年的皇帝，經驗早已足夠豐富，對於文官話術十分了解。除了不支持武力解決之外，申時行剩下的意思其實很簡單，就是想撇開舒應龍的責任，把罪責往海防上引。
海防不歸心學派管，那是兵部的責任，同時由於戶部現在有了關稅署，關稅署下屬又有稅警總隊，因此也有責任。歸根結底就是海防如果有問題，責任全在實學派，申時行那番話無非就是強調這一點。
但皇帝不在意這些，黨爭這種事，他作爲皇帝早已習以爲常。對於皇帝而言，禁絕黨爭根本不可能，何況他也沒有理由非要去禁絕。畢竟對於皇帝而言，臣屬有矛盾纔好控制，要是臣屬完全一心，那反而會很麻煩，甚至搞不好還很危險。
平心而論，高務實主導實學派是皇帝能放心的，但如果朝廷上下全都是實學派，那即便他對高務實再放心，也會感到不安。
黨爭不是皇帝在意的事，他在意的是申時行這麼一說，舒應龍的責任雖然輕了，但同樣也就意味着平息此次事件未必需要動武。
伐元一戰已經把整個九邊的力量使用了絕大部分，而南方也不安穩，宋良佐與劉綎正在準備圍剿播州楊應龍，這又要動用西南大部分機動兵力。在這種情況下如果再開一場大戰，而且還是在東南財賦重地開戰，即便朝廷積累了十幾年，恐怕也支應不了。
至於申時行的建議，即減免暴動漕軍要賠償的那四成損失，朱翊鈞現在想想其實也未嘗不可。別看燒了上百艘船，其餘漕船也各有損失，但漕船不是海船，體積本來就小得多，這批損失遠遠不足以讓朝廷覺得有很大的負擔。即便加上船上的貢賦，對於此時的朝廷而言也損失得起。
朝廷在京師周邊是一貫有儲量的，以往按例都是儲備四百萬石，高務實這兩年另加了一百萬石，所以伐元之戰開戰前京師儲備高達五百萬石。
這批儲量如果是用於征戰，那或許不能算絕對充足，因爲征戰消耗主要是消耗在運輸途中，但如果只是保證京師的口糧，這筆存糧就足以稱得上萬全了。
北京城的居民約十三萬四千戶，以每戶五口人計，此時期的京城總人口約六十八萬人，加上生產建設兵團和宮中各種服務人員，目前京城總人口大概在八十餘萬。
一石約一百二十斤(石爲體積，故重量其實不固定)，至少可供一人食用兩個月，五百萬石存糧意味着可供京師食用一年以上。而民衆一般都有存糧，勳貴高官和富商之家更多，所以實際上京師儲糧即便沒有外部輸入，也能保證兩年不會缺糧。現在繼續保證漕運，不過是習慣使然，有備無患罷了。
因此，不過分追究漕軍責任，朝廷本身其實不會有太大的壓力。不過這事兒……似乎是戶部的當管，是不是應該問一下高務實的意見？
朱翊鈞想着，便道：“財賦之事爲戶部當管，大司徒如今人在大寧，且派人去捎個信，問一問他的看法吧。至於漕軍暴動……申先生既然爲其求情，朕也不是好殺之人，考慮到此次倭寇出現得頗爲詭異，漕軍應對不佳也算情有可原。
這樣吧，如果大司徒同意不追究漕軍損失，賠償追責之事朕就赦免了。另外，諸位愛卿不妨先想一想，派誰去與南京城外的漕軍宣讀赦免旨意。”
朝廷不可能說去和暴動漕軍交涉，只能說去宣讀旨意。這事實上就是去談判，而此時漕軍還在暴動之中，去宣讀旨意之人還是有一定危險的，因此這活誰去幹還是要商議一番。
按道理說，漕軍的事情當然應該由漕運總督出面解決，但大明的漕運總督全稱是“總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道”，相當於身兼多職，因此他的駐地在淮安府這個方便總攬全局的要地。
從淮安到南京要走四百多裏，且漕運總督在漕軍暴動時期過去交涉肯定還得帶兵，這顯然又要多出一些不必要的花費。同時，這樣做還可能讓暴動的漕軍感受到威脅，容易造成誤判，因此按照朱翊鈞的想法，既然不打算訴諸於武力，那就最好不要讓舒應龍去。
皇帝當即表明了態度，申時行立刻表示贊同，王錫爵緊隨其後也表示同意，並且建議宣旨之人可以是南京戶部尚書陳蕖。