朱翊鈞在宮中看罷大笑，對身邊人道：“看吧，這幫官員京察前鬥，京察時鬥，京察都要結束了還接着鬥，不過他們想借着朕來鬥，朕也想借着他們鬥。”
司禮監首席秉筆張誠連聲稱讚：“皇爺洞若觀火，朝廷大事瞭然於胸，只是奴婢不明白，這京察百官如此胡鬧豈不會有失公允，阻礙皇爺治世。”
卻不料皇帝忽然變色道：“張誠，你少在朕面前煽風點火，這是欺君！”
張誠急忙跪地請罪，朱翊鈞冷冷地道：“朕對天下官吏瞭如指掌，選官任用自在朕心中。朕治罪者必有過，罷免者必無用，提拔者必有才，留任者必有功，還有一些人留下是爲將來之離去。
閣部相爭不過爭一個權勢，趙南星癸巳京察之中大義滅親，公正之舉令人稱快，轉眼間就以評議差等，奏請罷免閣臣舉薦之人，其餘不職之官朝野皆認，並無問題。
至於陳於陛，他並非此中主謀，但也在有意爲打擊申、王二人作掩護，結果欲蓋彌彰罷了。朕早知此事申、王二位必不會坐視不理，果然這些奏摺就來了。
原本吏部與督察院會同考察是爲互相監督，現在卻同心協力，難免不令人起疑結黨營私，只是沈總憲此番如此配合吏部卻有些奇怪，不知是不是承認了前些年疏遠務實是其行差步錯……且再看看，這幾天就等着吧，這些奏疏天天都得來。”張誠領命。
結果次日吏部尚書陳於陛見內閣上疏，也再度上疏申辯，力保吏部考功司郎中趙南星所言並無過錯，都是一心爲公。
朱翊鈞看罷冷哼道：“朕早說陳於陛此舉不過是爲人打掩護，現在看來果然如此！”
陳矩立刻跪請皇帝息怒，勸道：“皇爺，部堂庇護屬官乃是常情。”
朱翊鈞再次冷哼一聲，道：“朕自然知道這‘常情’，不過就算趙南星找的那些理由都算正理，可是如今天下多事，朕豈能任他破壞內閣團結？
傳朕旨意，吏部尚書陳於陛是非不明，包庇屬官，罰俸三月；趙南星是已非人，抑揚太過，官降三級，另外立刻罷免虞淳熙、楊於庭，永不敘用。”陳矩、張誠領命。
之後申時行以內閣名義上疏爲趙南星開脫，但實際上是給趙南星坐實“是己非人，抑揚太過”的劣評。
陳於陛知道皇帝的意思，也知道自己並無太大危險，於是上疏以辭職相威脅，宮中果然對此留中不批，陳於陛便再次上疏申辯，把戲做個全套。
同時，禮部尚書于慎行、工部尚書石星、督察院左都御史沈鯉、督察院左僉都御史王汝訓、右通政魏允貞、大理寺少卿曾乾亨、禮部郎中孔兼、員外郎陳泰來、主事顧憲成、張納陛、賈巖、助教薛敷教等也紛紛再爲趙南星求情。
這些人其實分屬不同派系，但這次偏偏都出來爲趙南星說情，顯然說法各不相同，也都各有不同的意指。
萬曆皇帝聽着司禮監給他念着各人的奏疏，疏中時而便有內閣與各部互相指責之處，有些地方甚至含沙射影皇帝本人，不過朱翊鈞經過高務實這麼多年的影響，對這些說辭基本免疫，不動聲色地聽完，面色也沒有太大變化。
傳旨，趙南星、虞淳熙、楊於庭、袁黃罷職爲民；陳泰來降級外調聽用；于慎行、石星、沈鯉、王汝訓、魏允貞、曾乾亨罰俸三月；曾同亨、孔兼、顧憲成、張納陛、賈巖、薛敷教等朋謀亂政，降三級外調離京。”司禮監領旨。
內閣首輔申時行得知衆人上疏中有提及自己，也上疏請辭，但很快得朱翊鈞手詔，其中說“朕因新春積火上升，兩目疼痛，卿可即出，待朕火愈，詔卿面商國事。”
從這裏皇帝的反應來看，似乎是對申時行無比信賴，依舊將國事委於內閣。申府管事拜道：“老爺深受聖上信賴，恭喜老爺渡過此關。”
申時行道：“老夫與皇上君臣相知，豈是陳於陛、沈鯉、趙南星、顧憲成等人可比？不過此事倒並非我手段如何高明，而是皇上心意如此，聰明人本就不會參與——你看高南寧便一言未發。不說這些了，快去備車，我需入閣議事。”管事受命，出門備車，送申時行往東華門而去。
內閣之中申、王二位談及京察之事，王錫爵賀道：“此番閣部之爭吏部完敗，此後我等可盡心國事了。這陳於陛實在是頑固不化，通過此前吏部尚書可不避內閣座轎一事可以看出，以往天官爲緩解閣部矛盾，總是預先囑咐轎伕避開閣轎。
而陳於陛不知是不解其中奧妙還是故意爲之，只遵循舊例，不避閣轎，對等相向，可見此人或是孤高而不知變通，或是故意爭權立勢，殊不知他背後的高求真如今也是閣臣，他這般做不僅得罪我等，同樣也會讓高求真不滿，因此便有今日一敗。”
申時行嘆息道：“只是這次爭得有些大了，皇上一下就處置了這麼多官員，他們定會認爲是內閣閣臣——尤其是我二人從中作梗，這才引皇上大怒降罪。將來，他們會把這些帳都算在你我頭上，而閣部之爭恐怕也永無止境，如此國事如何可爲？”
王錫爵答道：“元輔勿憂，這也是迫不得已之事，我雖一直反對堵塞言路，不過時至今日倒也覺得言路不能過於猖獗。欲求天下大治，除君臣同心之外更需令行禁止，朝野一致。”
申時行思索着道：“我料此次大爭之後尚有餘波，尤其六部之中或許還有要職調整，你我皆需留意，以免錯失機會，爲人所乘。”
王錫爵讚道：“元輔此言極是，未雨綢繆理所應當。”頓了一頓，又問：“之前有件事不好明說，如今只元輔與錫爵二人在，卻不得不問了——宋應昌與李如松此番表現都頗有差錯，我等是不是能想個法子換掉他二人？”
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