宋應昌見朝鮮居然不知此事，不禁愣了一愣，才知道沈惟敬並未與朝鮮通氣。他心有疑慮，但又不便對此細究，便答道：“朝鮮竟然不知此事？此事在收復漢陽之前，自收到倭寇請降信後便立刻上報朝廷裁決，現在已收到旨意，暫行駐守不得發起戰事。”
柳成龍氣上心頭，語氣中明顯開始帶有情緒：“那就是說，明軍早知此事卻完全不與朝鮮商量，而收復漢陽則只是一場與倭寇的交易，並且因此阻止了朝鮮的追擊，到了現在又對朝鮮戰事不管不顧！
經臺，我想問問，你看現在的倭寇哪裏有請降的樣子！對於此事，請你務必給我一個解釋！不然朝鮮絕不會善罷甘休！”
無論事情的因果關係如何，宋應昌聽了這話都立刻沉下臉來，正色道：“柳成龍，注意你的言辭。倭寇退出漢陽乃是因爲我軍連戰連捷，倭寇難以支撐，纔在撤出漢陽之前傳遞請降之願。此等大事自需上報朝廷，而不許追擊是因追之無益，與所謂交易毫無關聯。”
柳成龍正鋒相對道：“我不是向經臺建議過，說追擊之後朝鮮各道官義之兵必能被朝廷統一調度，配合明軍圍殲敵寇，可獲全勝麼！”
宋應昌漠然道：“恕本部堂直言，本部堂對朝鮮軍的戰力毫無信心，也不想看到朝鮮軍再度被倭軍重創，因此這纔不許追擊。
至於有關倭寇請降一事，本部堂也心存疑慮，因此自是主戰的，也曾上疏進言。但無論如何，如今已有旨意傳下，令我入朝全軍暫時只作駐守，本部堂豈能抗旨？
本部堂現在能告訴你的是，如倭軍北進，我軍必迎頭痛擊。另外，聽聞此次倭寇出兵近十萬之衆，兵力懸殊，即便沒有旨意，本部堂也不願打這一仗，自損元氣又對戰局於事無補。最後，也奉勸你們放棄晉州退守新的防線，晉州失陷已是必然。”
可是柳成龍不肯放棄，態度軟化下來，再勸宋應昌發兵，哪怕發一支疑兵也好。在柳成龍苦求之下，宋應昌答應佈置疑兵迷惑日軍。
而在朝鮮將領中，同樣對晉州深感擔憂的還有如郭再佑、金命元等許多人，他們也都是如此設想，即不能力拼，應放棄晉州，重新佈置新的防線，畢竟朝鮮朝廷一時間也難以調動大軍援救。
日軍總大將宇喜多秀家召集諸將佈陣，最後的安排是：宇喜多秀家親領伊達政宗、石田三成、大谷吉繼等人率兵一萬八千八百佈置於城東；
小西行長領細川忠興、宗義智率兵兩萬六千一百佈置於城西；
小早川隆景及立花宗茂等率兵八千七百於西北緊盯南原及忠州動向；
毛利秀元率兵一萬三千六百人於東北防備尚州及善山等地的明軍來援；
最後是吉川廣家領一隊布在江南作爲策應。
日將細川忠興因曾親身參與第一次晉州圍攻戰，記憶猶新，不免有所憂慮，道：“前次晉州之戰時，朝鮮百姓也都全部助陣，以致攻城十分艱難，聽說最近一路陸續涌入晉州的百姓已至六萬之多，若他們也都協助守城，那我們真不知要攻到何日了。”
加藤清正不滿細川忠興怯戰懦弱，當即責備道：“上次晉州未能攻下，其原因不在有多少人守城，而在你們攻城無能。晉州百姓再多，但兵器終歸有限，其憑藉城牆倒還能有所作爲，城破之後只有被屠殺的命。
我看啊，上次晉州之戰就是因爲你們太優柔寡斷了，所以纔會最終敗陣，真是替你們感到丟臉。”
伊達政宗自然不想自己初至朝鮮便收穫一場敗仗，便憑藉尊貴名位向諸將訓導道：“伊達家來此一爲以身作則，二爲受太閣殿下之命來此督戰。晉州軍民相加已接近我軍兵力，鑑於前次經驗，此次圍城必然會頗費時日，我軍衆多卻無法完全展開，故此前幾日自然是批次攻城，同樣也是消耗朝鮮力量。
不過，還請各位銘記，此次出陣只爲攻下晉州。若各位不盡全力，戰後請剖腹謝罪即可。太閣殿下也不想再見怯懦畏戰之人。身爲武士，只有戰勝封賞和戰死沙場兩種結果，除非事先謀劃，否則絕不可再出現敗逃之事。”
其實從職務而言他說這話有些僭越，但宇喜多秀家似乎並無這等絕無，亦或者說懾於伊達政宗在日本國內的地位而不方便發作，反正是對此表示贊同了。於是宇喜多秀家下令今日先圍城佈陣，次日再開始攻城。
由此，日軍佈陣於晉州城外，四面八方的日軍如同汪洋大海席捲而來，聲勢極其逼人。
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