而此時在朝鮮朝廷中樞，伊鬥壽向朝鮮王李昖舉薦元均代替李舜臣爲三道水軍統制使。由於朝鮮國內常將李舜臣與元均二人作對比，李昖一時不能決斷，便詢問金應南意見。
左議政金應南道：“李舜臣的確是難得的水軍干將，但元均也是智謀出衆、勇猛卓絕之人，同時所立功勳也爲數不少，臣認爲他完全可以擔任三道水軍統制使。”
伊鬥壽見金應南支持，再次力薦：“不僅如此，元均還是絕對忠於王命之人。殿下，元均與李舜臣不同，凡是殿下的命令，無論刀山火海也會義無反顧去執行，誠可謂忠臣也。”
忠誠，這可是朝鮮王李昖最爲看重的特質，於是被伊鬥壽和金應南說服，任命元均爲新任三道水軍統制使。
李舜臣被押送至漢陽後，元均特來嘲笑，在元均譏諷之後，李舜臣只請求元均善待水軍將士，調動船隊需要深思熟慮。元均輕笑數聲，不過卻也滿口答應。
而在釜山浦,?宇喜多秀家、黑田如水、小西行長則正在共同慶祝李舜臣的罷職。宇喜多秀家笑道：“直到今天我才終於感到一直卡在喉中的利刺終於拔了出來,?渾身痛快無比！”
小西行長亦感興奮：“總大將您這形容還是不夠準確，這不是刺,?而是攔路虎被徹底除掉！”
黑田如水也輕鬆不少，含笑道：“如今李舜臣已除，於海路我們將暢通無阻，朝鮮八道唾手可得,?應立即彙報太閣殿下,?發佈總攻命令，最好搶在明軍到來之前攻下朝鮮！”宇喜多秀家立刻贊同。
然而，加藤清正突然怒氣衝衝而來，喝問道：“小西行長！你這小賊,?竟敢瞞着我將我當做誘餌！你到底是用什麼花言巧語欺騙了太閣殿下！我看你是巴不得看我被李舜臣送進海里餵魚吧！”
小西行長心中作何想且不去說,?但至少表面功夫做得不錯，他連忙起身勸慰：“誒誒誒，加藤殿下,?你何必衝動，這是爲除掉李舜臣的計策，我深知李舜臣絕不會出擊，太閣殿下也同意我的判斷。而如今呢？你沒有受傷，李舜臣也被除掉，這不是很好嘛！加藤殿下，這次你不過正常行軍，但卻立下了大功一件啊！”
換句話說,?你加藤清正現在還欠了我小西行長的一個大人情呢！
然而加藤清正餘怒未消,?他已再難忍受與小西行長共事，冷笑道：“我不知道你在說什麼鬼話,?但是小西行長,?我告訴你，我再也不能跟你活在同一片天空下,?我們現在就去外面做個了斷吧！無論誰生誰死,?只存一人！”
小西行長笑容頓斂,?厲聲道：“太閣殿下早就知道用你作誘餌的目的,?如果你不相信的話，大可直接去問太閣殿下！如果太閣殿下表示他不知情的話,?我不僅願意接受你的決鬥邀請，甚至願意在決鬥中絕不還手,?當場引頸就戮，如何？”
黑田如水連忙勸道：“你們二人不要再爭吵了。加藤，小西說得沒錯，你的威名早已傳遍朝鮮，正因如此纔會使朝鮮如臨大敵，纔會在李舜臣抗命之後令朝鮮王和大臣們憤怒無比，對於李舜臣不會出擊的結果，是太閣殿下早已料定之事，所以你本就會毫髮無損。
太閣殿下對你們二人都有殷殷期盼,?而對於今後的戰鬥，太閣殿下也還等着你的捷報,?你當全力以赴作戰，而不是來追問小西成功之策——那是太閣殿下的決斷。”
李舜臣下獄後,?柳成龍前往探視，但衙吏不敢放行，幸有世子光海君擔保，柳成龍才得以與李舜臣相見。
柳成龍對李舜臣含淚道歉，李舜臣道：“西厓公(柳成龍號西厓)不必自責，我早知自己會有今日，而且我也知道王上會將我處死，即使是西厓公您出面也無濟於事，這一點西厓公您也心中瞭然。事已至此，西厓公，我想拜託您一件事，不要爲我而去作任何申辯。”
但柳成龍不忍見死不救,?李舜臣便表示其生死不在大王手中，而是在元均手中。柳成龍蹙眉道：“你的意思是,?若元均守住大海，你便會被處死。若元均在海上被倭寇擊潰,?那麼朝鮮海防頓失，王上和朝廷便只能依靠於你，你便能活……是這個意思麼？”
李舜臣答道：“正是如此，不過若元均真能守住大海，那我縱死也當瞑目。西厓公，我再次請求您，無論如何也不可爲我出面，要是連累到您，那這個國家才真是毫無希望了。
爲能再造山河，請西厓公務必保重。我現在最擔心受驚的母親，若我身死不能盡孝，還勞煩西厓公始於援手，幫我照顧老母。”柳成龍沉重應下。
不久之後，李舜臣即遭到嚴刑拷問，左議政金應南逼問其因何緣故抗命不出，李舜臣答道：“小西行長所發情報爲加藤清正將於正月十一日襲擊，但實際上加藤清正提前一日便已抵達，因此這顯然是個陷阱，我自然不能出兵。”
金應南質問：“那只是最後的結果而已，況且差一兩天又能如何？加藤清正襲擊西生浦是事實，王命要求阻敵於海上，你抗命不遵，驕狂自大，這纔是你的大罪！”
李舜臣平靜地問道：“王上及左相見過倭賊麼？啊，倭賊的首級必定是見過的，但恐怕未曾見識過倭賊的狡詐和殘酷。戰場的狀況與在朝廷聽取的報告大爲不同，將帥但有不慎，便會斷送全軍將士之性命，同時導致戰局之傾覆。
無能的將帥遠比敵人更爲可怕。左相，我以此言相答：我並非抗命，只是擔憂將士白白送死，擔憂戰局傾覆，若此爲罪，我甘願一死。”
金應南大怒：“混賬，你是在說王上要斷送全軍麼！詭辯之徒，無可救藥！”金應南拍案離席，下令繼續嚴審。
另一邊柳成龍則仍然覺得不能坐視，便央求世子光海君請兩司臺官出面，他道：“邸下，朝廷大臣現因李舜臣而兩立，此時臺官若能出面，將有很大幫助。邸下您也清楚，李舜臣不僅是忠臣，也是守護國家的英雄，邸下不也將李舜臣當作真正的忠臣麼？萬不可讓李舜臣含冤而死啊。”
世子搖頭道：“我能有什麼力量？這件事王上已經下定決心，要推翻此案已爲時已晚。還請領相回去，萬不可被此事牽連。”
柳成龍聽此，暗暗一咬牙，再次請求道：“邸下，臣知道您對臣之前的行爲有所不滿，但此番若能助力，臣便欠邸下一條性命，今後無論任何私人的要求，臣都會答應。李舜臣是朝鮮最後的大將，請邸下務必搭救。”