董一元奪關後就地休整，清理戰場，而由馬林統軍繼攻飛虎關。
飛虎關前三十六級天梯高陡異常，而周圍則是懸崖峭壁，飛猿難渡。明軍拾階而上都需手腳並用，而播州軍不僅推下滾木山石，還澆灌火油，引燃山道，繼而再用弓箭遠近阻擊。
明軍又不是鐵打的金剛，在這種狹窄山道上進攻自是苦不堪言，根本難以寸進。馬林乘間隙連發三次衝鋒，結果反倒是明軍傷亡激增，軍心險些崩潰，馬林見狀只得先行休兵。
這飛虎關真是個天險，上倚絕壁，下臨懸巖，高屋建瓴坐鎮天梯之頂，如負隅猛虎，張口嘯天，威震關山。其箭樓也屯駐重兵，守關之兵亦爲播州精銳虎兵坐鎮。而天梯與飛虎關之間僅有一道吊橋連接，爲通向飛虎關的唯一通道。
馬林部于飛虎關前連攻十日，偏又陰雨不斷，委實寸步難行，毫無斬獲。馬林心愁不已，他一個善於打平原野戰的騎兵將領，竟然不得不苦思奪取山關之計。
好在這日天氣轉晴，馬林大喜之下，急令密調本軍全部三號炮上山，在確保不會誤擊吊橋的前提下，猛烈炮擊飛虎關樓以壓制播兵。
播州軍根本沒有料到這種地形下明軍竟然能調集大量火炮，對此毫無防備，此時突遭火炮打擊，關石飛濺，關樓塌陷，播州兵於關牆之上難以立足，飛虎關守兵一時間再難嚮明軍施以還擊。
馬林見機不可失，立刻點檢精銳家丁，親自領兵衝過吊橋猛攻關門，於是飛虎關破，明軍魚貫而入，隨即便與播州虎兵展開混戰。
播州虎兵相當於黃芷汀當年身邊的親衛，全家都和主家一榮俱榮、一損俱損，故而不畏生死，死戰不退。
由於關門狹小，明軍又爲了儘早攻陷而一擁而入，此時陡然遭遇虎兵這樣的精銳山地兵堵截，差點被一下子逼出關門。
馬林急得大吼連連，親自督陣，不顧危險站在高處鼓舞士氣，又令身邊家丁以掌心雷齊擲，這才險險逼退敵兵。隨後明軍大隊再度衝鋒，奮勇反擊，終於陸續再入關門。
進關的明軍多起來之後便算是大局已定，結陣挺槍擺出排槍刺刀陣，步步進逼。虎兵雖然精銳，但在高務實這套超越時代的打法面前也終於再難寸進。
馬林在排槍刺刀方陣打出數輪齊射之後一聲令下，開始全軍衝殺。他本人也不甘示弱，拿出先父馬芳的氣勢，身先士卒連斬十餘人。虎兵雖然精銳，但畢竟人數不多，在這般大軍強壓之下終於不敵，最終全軍覆沒。
飛虎關戰後，劉綎率部跟上，向飛龍關攀進。飛龍關由何漢良、田飛鵬率兵鎮守，前有龍虎大道，與三十六級天梯相仿。
這飛龍關一側臨百丈深淵，險峻陰深，蛇鼠爲窟，常有哀嚎之聲隨陰風陣陣從山澗下傳來，令人毛骨悚然。
何、田二人意欲使明軍全部葬身山澗，特在龍虎大道遍置木石，輔以弓箭遲滯明軍攻勢，更用自制火藥在明軍進攻時突然炸裂一側山體，亂石飛下，明軍躲閃不及，多有墜崖而死。又是連續兩日，明軍大半仍被遲滯在龍虎大道。
劉綎大怒，親自督戰並派出五百降倭夷丁，嚴令向飛龍關突進。降倭夷丁不愧是天下精銳——尤其是在劉綎暴怒之下，他們這一出動，直殺得沿途血肉橫飛，在自身死傷近半的情況下終於衝過大道。
劉綎擡頭觀望飛龍關，乃是用青石及石灰糯米砌築而成，關爲三開，三拱相套，有兩座月門，是爲囤東入大城門戶所在。劉綎率部對飛龍關時攻時休，接連相持十日而不克。
由於此處近乎絕地，劉綎乾脆棄用計謀，只作強攻，逢陰雨連綿便冒雨強攻，逢雲開霧散便調火炮助陣。於是連日來戰事激烈，炮聲如雷，龍巖囤上下皆能清晰耳聞。
輪番強攻之下，飛龍關即便再如何險要也漸漸難以支撐，於是楊朝棟又率部來援。此時飛龍關一側關牆斷裂，明軍趁勢大舉攻入，劉綎隨軍突入飛龍關內，直取何漢良、田飛鵬而去。
何漢良見劉綎殺來，不知死活向前迎戰，不過數招之後便死於劉綎刀下。另一邊田飛鵬見劉綎委實兇悍，不敢迎敵，轉身便逃。誰知劉綎冷哼一聲，張弓搭箭，一箭射入其後心，田飛鵬應聲倒地。楊朝棟見狀，知飛龍關再難堅守，當即也只能率殘部退守朝天關。
在明軍猛攻前囤之時，鄧子龍、馬孔英、吳廣等部正攻後囤。楊應龍亦在後囤布有重兵，鄧子龍等於頭道關隘之後、關門之前便屢遭失利。
時日已久，鄧子龍便令全軍停止進攻，反而後撤三裏，止步不前，實則暗中設伏引誘播兵出關。
明軍故作懈怠，後關苗將自恃重兵在握，見明軍連日攻關不下，反而死傷漸增，膽怯不前，見明軍後退，以爲是傷亡過重不得不退回修整，便下令出關殲敵以便包抄明軍大營。
鄧子龍得報播軍出關，大笑三聲，即令馬孔英率部居左翼設伏，吳廣率部居右翼設伏，自領中軍吸引播州軍來攻。
播州軍一路狂飆突進，殺聲震天，鄧子龍遣數隊分道迎敵，先是佯裝大敗，一觸即潰，播州軍因此更加肆無忌憚，直追入明軍口袋之中。
鄧子龍見時機已至，即令大放火器，馬孔英及吳廣聞聲出動，迅速將播軍合圍，水泄不通。播軍見誤中伏擊，全軍欲撤，但與明軍激戰半日卻傷亡慘重，反而潰不成軍，鄧子龍等人趁機率部掩殺，然後順勢奪下後關。
此後播州軍於西關至後關之間大行遊擊襲擾，因播州兵慣於山間作戰，其于山林亂石之間閃轉騰挪、健步如飛，明軍深受遊擊之苦，于山間難以輕易追擊，只得被動防禦，艱難行進。
不過由於播州軍遠程武器只有弓弩，而明軍裝備隨着戰事發展反而還有越來越完備的趨勢，襲擾雖對明軍有遲緩之效，但對明軍兵力而言卻無太多損害。
鄧子龍等苦耗多日，終於抵近西關，與馬孔英、吳廣輪換攻關，兩軍相持不下。鄧子龍嚴令日夜交攻，待後續火炮終於運上山來，苗兵被轟了半日損失慘重，最後膽寒棄關而走，明軍由此攻佔西關，只是全軍疲憊，只好先休整待命。
至此，明軍圍攻龍巖囤已達四十餘日，前囤攻至朝天關，後囤攻至萬安關，之後便久攻不下，再難前進一步。
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