廷臣對於李昖“內附”事件的討論，不僅使得朝鮮政治生態混亂不堪，君臣諫諍日益激烈，同時使得李昖與光海君的父子之間相互猜疑。
光海君爲李昖與恭嬪金氏的第二子，因此在王位繼承上缺少名分支持。李昖立光海君爲世子有兩個原因：一來是李昖的懿仁大妃並無嫡子；二來李昖當時一心一意只願“播遷”，立光海君爲世子可以分散廷臣的注意力。
而當李昖準備“內附”之時，便授意光海君分朝，命令光海君往江界組織軍隊進行反侵略活動。這樣一來，既可以應對西人黨成員不斷施加的壓力，又可以鼓舞士氣，鼓勵朝鮮百姓繼續抗戰。因此原歷史上在大明派兵援朝後，李昖的“內附”便無疾而終。
在明軍提督李如松收復平壤後，李昖迅速結束了分朝之事。其實李昖一直認爲光海君並不是未來國王的最佳人選，只是他當時爲實現“內附”而做的妥協。因此，在李昖迴歸漢陽後，大力驅逐積極靠攏光海君的西人黨成員。
在壬辰戰爭結束後，光海君一直因爲名分問題並未獲得明朝的冊封，李昖因此更希望更易世子人選，反過來又導致父子之間矛盾漸深。
李昖想立仁穆大妃之子永昌大君爲世子，當時的領議政柳永慶等廷臣曾展開祕密討論，商議是否可以將永昌大君立爲世子。但是由於此時李昖突然離世，這一想法還未付諸實踐，光海君就已即位。
即位後，光海君任用了李爾瞻等人，而李爾瞻爲大北派領袖(這個有別於北人黨)，在大北派的主導下，光海君之兄臨海君被殺，李昖的仁穆大妃被廢，仁穆大妃之父金梯男被殺，永昌大君被廢爲庶人，圈禁至江華島，於萬曆四十二年年被江華島府使鄭沆殺死。
在光海君即位之後，朝政便由大北派掌控，此時西人黨欲重奪政權，便發動了“仁祖反正”事件，並且最終重奪政權。
總之，“內附”事件使得朝鮮朝內黨爭不斷髮酵，而李昖“內附”過程分爲兩個階段，第一階段爲“播遷”，在播遷途中，黨爭作用於“立世子”事件上，東人黨與西人黨大規模爭論，最終東人黨獲勝，光海君被確立爲世子。
“內附”的第二階段便是對“播遷”方向的選擇。此時，不同意“內附”的廷臣開始提出“世子分朝”的建議，“內附”事件直接促成了李昖與光海君分朝，李昖北上義州專爲“內附”，光海君入江界安定人心、組織抗戰。跟隨光海君的廷臣實際上是堅決反對李昖“內附”的中堅力量。
在李昖回到漢陽後，大力驅逐西人黨人士。因光海君爲恭嬪金氏的第二子，並非李昖大妃的長子，並無資格繼承王位，故在李昖彌留之際，欲更換世子，將仁穆大妃所生的永昌大君立爲世子，當時小北派領袖柳永慶爲此積極活動，此事還未完成，李昖便去世了。
此事造成李昖與光海君父子關係緊張，同時，光海君上臺後開始瘋狂打擊報復，將永昌大君囚禁並處死、廢除仁穆王后，啓用大北派官僚李爾瞻等人。
後續這些事情如今都未發生，但完全可以被高務實拿來作爲分析朝鮮朝廷內部格局的參照，由此就很容易確定誰可以拉攏，誰必須打壓。
政治的第一要務是什麼？是分清誰是“我們”，誰是“他們”。對於掌握了“歷史”這一外掛的高務實而言，區分敵我自然不成問題。
於是在高務實代替宋應昌出任平倭經略之後，麻貴雖然立刻奉命領兵南下，但也正好趁此機會暗中按照高務實的指示對朝鮮朝政進行佈置。
他做的第一件事便是指使朝鮮部分臺諫官員彈劾領議政柳成龍。其實柳成龍此人在高務實的心目中算是朝鮮難得的能臣之一，只可惜“彼之蜜糖，吾之砒霜”。
柳成龍雖然堅持朝鮮與大明的“宗藩之誼”，常常在雙方發生矛盾之時——尤其是軍事指揮權矛盾之時——盡力斡旋調解，但他也是堅決反對內附大明的朝鮮重臣之一。
反對內附，這在高務實眼中顯然就是“矛盾不可調和”了，故無論他本人是不是能臣賢臣，都成了高務實此時必須搬掉的石頭。
李昖這個時候本來就對柳成龍積累了很多不滿，既有此前他支持光海君的因素，也有他成爲領議政之後依舊未能改變朝鮮軍被日軍吊打的因素，於是彈劾一出，李昖的態度就很曖昧，遲遲沒有出言袒護。
這時，明軍方面也有了動靜，或者不應該說“明軍”，因爲動靜來自於大明薊遼總督、實學派重要人物顧養謙。
顧養謙的一封信非常湊巧的在此時遞給了李昖，信中用相當直白的行文指責朝鮮朝廷，說朝鮮在與日軍停戰期間沒有做好相應的準備，以至於大明天兵再次南下援助之時朝鮮依舊不能提供相應的糧草與其他物資補給，更別提朝鮮官軍居然仍與壬辰年一樣無能，面對日軍的進攻毫無抵抗之力，再次出現一潰千里之勢。
對於這兩個指責，無論李昖也好，朝鮮朝廷也罷，的確都沒什麼藉口能找。顧養謙作爲薊遼總督對此發難也沒有任何問題：你朝鮮物資不足、打仗無能，壓力最大的就是我薊遼二鎮，因爲我這裏正是大軍出征的地方，肯定要提供兵員、承擔補給，罵你完全正當。
此事一出，李昖也不能保持曖昧了，立刻下旨以秉政無能爲由罷黜柳成龍領議政之職，同時命李山海再次出山擔任領議政。
李山海是何人？首提“播遷”的前領議政。而且這裏還有一事不得不提：李山海名字中的“山海”不是別處，沒有別指，正是大明“天下第一關”山海關的那個“山海”！
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