高務實之所以自認爲他在兵部一陣搗鼓之後，經世實學改革便已經進入到了新的階段，也是有原因的，其中最主要的原因就是隨着京營被分爲禁衛軍和生產建設兵團，五軍都督府的性質出現了變化，甚至在某種程度上可以說，是連朱元璋定下的“軍籍”制度都被他悄悄動搖了。
衆所周知，大明軍民分籍。所謂軍民分籍，就是把老百姓分爲兩種。一種是“軍”：每家世世代代要有一個人當兵或軍官。另一種是“民”：世世代代均免除兵役，除非是自願投軍的。
朝廷的戶籍因此也有兩套，一套是軍戶，一套是民戶。
這是來元璋所手創的奇特製度，總的來說綜合了漢的屯田、唐的府兵，與宋的尺籍。朱元璋本人很以此種軍民分籍自豪。他說：“朕養兵百萬，不費國家一錢。”
朱元璋早在佔有和州之時，就開始試行軍士屯田：拿下了南京及其外圍以後，更是十分注意於此。他的軍隊，從不缺乏糧餉，因此才能做到對人民秋毫無犯，到哪裏都受歡迎。
洪武元年，天下事已經大定，他開始考慮如何於勝利以後，安頓龐大數量的軍官與兵士。
裁減，編遣，復員，都不是好辦法。
裁誰不裁誰編誰遣誰復員，復到哪裏去復到農村，農村喫不消；“退伍軍人”無田，無牛，無農具，無種子，也復不進農村真要去了，那全都是地方上的不穩定因素。
於是，朱元璋想出了這個軍民分籍的辦法，不僅安頓了兵士，酬庸了軍官，而且替他自己與他的子孫保存了龐大的軍事力量，也就是替大明帝國維持了長治久安的國防軍。
當時朱元璋的辦法大體是這樣的：兵士，每人賞官田五十畝。條件是當兵到老六十歲；老了或死了以後，由兒子孫子一代一代地繼承下去。每代只須有長子一人服役，次子以下作爲“餘丁”，也就是補缺的兵。不過這五十畝田也要納稅稱做糧，每畝二斗四升，但並不運到中樞朝廷或地方官府，而是集中儲藏起來，預留爲可能出現戰事時的軍糧軍餉。
軍官，每人封一個“世官”：最高的是指揮使，管一個衛，其次有“千戶”、“百戶”，管千戶所與百戶所，最小的是鎮撫，有資格管一個總旗或小旗。千戶有正有副，百戶之下有所謂“試百戶”。指揮使與正千戶之間，有所謂指揮同知、指揮僉事、衛鎮撫。
總而言之一共分作九等。
至於大軍官有大功勞的，封爲指揮使不夠，那便封國公、封侯、封伯、封子、封男。這五等封爵，不屬於“衛所體系”以內後來不封子、男兩級了。
衛所的軍官與兵士，分別居住於指定的地區以內，遍於全國。而全國的衛所，在洪武十三年的時候，共有四百九十三個衛，衛之下各有若干千戶所、百戶所。獨立的幹戶所有三百五十九個。
此外，屬於羈縻性質的邊境衛所，也有四百多個。“世官”的總數，在洪武二十三年，有一萬六千五百名左右。“世兵”的總數，有一百二十萬名左右。
當時大明全國的總人口，依照洪武二十六年的統計，是六千零五十四萬五千八百一十二人注：不確定這個數據的“人口”是不是僅指丁口。
軍籍單獨開列於民籍之外其實還有匠籍，屬工部管理，這爲“大都督府五軍都督府”前期的強勢打下了堅實的基礎。
雖然五府的設置目的是爲了分化兵權，但這僅僅是對於軍事系統內部的調整，而且朝廷五府所掌管的仍然是一支實力雄厚，能征善戰的衛所軍隊，其在權力基礎上與大都督府時期並沒有改變，所以五府還是繼承了大都督府的一些權力，只是具體到高級將領們手頭的權力，則相應地被分化了一些。
但五府分權並沒有徹底打消朱元璋對於軍權過重的顧慮。用於分治兵權的辦法，除了五府五軍相制這種武臣互制之外，最主要的便是利用文官系統中的兵部去制衡五府。
其實，早在中書省和大都督府尚未廢除之時，這種相制之法就己開始實施。當時，命中書省兵部定給武官誥敕之制。在程序方面不但需要由大都督府將武官資料轉交兵部，又考功監察對其資格審査，再移交翰林院撰文，司文監校勘，中書舍人書寫然後在交由承敕、考功二監等等，一系列繁雜的文移手續之後，兵部才能給予升授。整個過程當中，兵部和大都督府都不可以專擅武官的選用。
最重要的是，兵部設立之後有奉旨調兵之權而無統兵權，五府有統兵之權而無權調兵，“凡軍制內外相維，武官不得輒下符朝廷徵發”。遇有戰事發生，由皇帝命將爲帥，兵部奉旨調兵，調五府所掌轄衛所之兵佩印出徵。軍還即歸印於朝，兵回衛所。
在這樣的模式下，最大限度朝廷的避免了武將專權的可能性，也使得文武相制的原則在國家制度朝廷層面上確定下來。
總體說來，五府在洪武年間還是具有一定的權勢和地位，由於五府堂上官皆由公侯伯推選，掌握五府機構運轉的主要官員均爲武臣，所以五府在一定程度上來說，即爲武臣勢力在中樞的代表。
五府代表着武臣在國家當中所佔有的地位，其品級高於六部，擁有參政權，可以統轄當時大明的主要軍事力量，這也爲朱元璋所認可，並定以爲制。
然而，在衆所周知的大肆殺戮功臣之後，五府的力量大爲削弱。比如在胡惟庸之獄中被誅殺的延安侯唐勝宗，平涼侯費聚和吉安侯陸仲亨，就曾任大都督府同知、僉事。以及在藍玉黨案中被誅殺的藍玉本人，以及鶴壽侯張翼、舶臚侯朱壽、定遠侯王弼，都曾就任大都督府高級長官同知、僉事。
因此也可以說，朱元璋對武臣大加殺戮，背後原因之一就是對於五府軍權的掌控。
再然後，到了英宗土木之變，隨着張輔之死，五府的勢力在朝廷中樞幾乎被一掃而空。而與此同時，中樞之中由文官所掌握的兵部從於謙設置團營起，重要性開始出現飛躍，就更加使得五府的地位一蹶不振。這兩點本書前文有述，就不多說了。
但是，五府的衰落絕不僅僅只是由於其首腦人物被打壓或者戰死，其中還有更加深刻的內在因素，而這個內在因素纔是眼下高務實關注的重點。
內在因素是什麼是衛所的衰落，是軍戶的逃亡、不堪一戰。