而這一法度，即是“四品以上及翰林院學士，例該自陳；其餘各衙門堂上五品及所屬五品以下等官，合照節年事例，本部會同都察院並該衙門堂上官考察，分別奏請定奪”。
四品以上官員及翰林學士，通過向皇帝上呈自陳疏，靜候皇帝的宸斷的形式來完成京察程序；而五品以下的官員則由吏部與都察院共同舉行堂審，予以考察。
楊巍所主北察、海瑞所主南察，本質上是對於南北二京所管諸布政司(省)的五品以下官員進行“去留考察”，之所以王錫爵會擔心海瑞，並不是擔心海瑞直接把他本人如何如何了，而是擔心牽連。
此前多次說過，明代官場的特色，既有師生關係，又有鄉黨關係，到了如今甚至還有派別關係。王錫爵作爲心學派的臺柱之一，許多門生安排在南京所管的衙門那是再正常不過了。
如果王錫爵的門生在京察中大量被黜落，勢必會引起朝野關注。而到了這一步，實學派方面十有八九便會趁熱打鐵，開始猛烈彈劾王錫爵本人，那麼事情就一發不可收拾了。
不過對於五品以下官員的考察一貫比較複雜，還有許多流程要走，此時暫不詳述。且說最爲便捷的“大臣”自陳，尤其是北察自陳引發的此番丁亥京察第一場“戰鬥”。
所謂自陳，即“兩京官員每遇六年一考察，四品以上皆令自陳(不職)。舉職業者留之，不職者退之”。
所有官員的自陳，皆“不下部覆，竟稟上裁”，即採用官員直接向皇帝上呈自陳疏的方式來進行。
自陳有一定之順序，掌察官員於堂審前自陳，按“先本部、都察院正堂，次左、右堂”的順序進行。而其他官員多在堂審結束之後方行自陳，即所謂“考察後自陳，例先內閣，次各衙門二品堂上官，次三品、次四品”。
但這裏必須要說，規定是規定，而實際上自萬曆期開始，明代部分內閣學士等大臣並不嚴格遵循“考察後自陳”之規定，而是在考察之前即己呈上自陳疏。
如原歷史的萬曆二十一年二月京察，早在正月二十三日，內閣輔臣王錫爵就呈上了自陳疏。又如天啓三年二月京察，內閣輔臣葉向高更是早在正月初八便呈上了自陳疏。
而今年尤其不同，往常大多與二月進行的京察因爲西北之亂等事被拖延到了將近中秋，很多事都要趕早，於是高官的自陳皆大舉提前。
有明一朝之所以於京察中令四品以上官員及翰林院學士自陳並取自上裁，是因爲四品以上官員，幾乎全爲大小九卿之官，平時即可立於朝堂之上與皇帝面議朝政，故皇帝對各官都有初步之瞭解。
另外，四品以上已屬體尊之官，爲顯示對高官的尊重，亦不可使其與五品以下之中低級官員同堂受審。而翰林院衆學士本身即爲“清華之選”，且“官爲學士，職在論思”，不必過多參與政務的處理；此外，學士與皇帝過從甚密，其行能如何必然爲皇帝所知曉，故亦不需被吏部與都察院考察。
當然，實際上四品以上官和翰林學士的自陳，並非從來皆然，而是經歷了一段時間的反覆，方爲定製的。
“弘治十年二月，吏部以考察京官，請會同都察院如例考察在京五品以下官……上從之。又以御史鄭惟恆等奏，欲兼考大臣，請通行兩京四品以上官，令自陳。上曰：兩京堂上官不必自陳”。
可見直至弘治十年之時，大臣仍遊離於京察之外，自陳仍不是京察的固定程式，即使言官奏請，皇帝亦不予採納。到了正德四年時，才於行京察之詔書中有明確之規定：“堂上官四品以上令自陳”。自此，四品以上官員於京察中進行自陳方爲定製。
與四品以上官由不自陳到遵例自陳不同，翰林院學士則經過了一個由被察之官轉爲自陳之官的過程。早在成化四年京察之時，時任掌翰林院學士柯潛便以本院屬官“無事績文案可考”爲由，要求僅將本院屬官公同內閣考察，並獲得憲宗批准，然此年考察，翰林院屬官無一降黜。
成化十三年也依成化四年之舊例。但或是因爲翰林院會同內閣主持的京察效果不甚明顯，弘治元年吏部開始參與對翰林院官員的考察。然此舉卻引起了翰林院學士的異議，弘治十年京察之時，掌翰林院學士楊守阯向孝宗上疏：
臣與掌詹事府學士王鏊，俱當聽部考察。但臣等各有屬員，進與吏部會考所屬，則坐堂上；遐而聽考，又當候階下。我朝優假學士，慶成侍宴，班四品上，車駕臨雍，坐彝倫堂內，視三品，此故事也。今四品不與考察，則學士亦不應與。臣等職講讀撰述，稱否在聖鑑，有不待考察者。
孝宗覺得他所言不虛，於是從諫如流，採納了楊守阯的建議，故自此之後，“凡官至學士者，遇考察皆自陳”。《明史》亦稱：“學士不與考察，自守恥(阯)始”。
既然高官們今年都搶先自陳，那麼就按照剩餘的規矩，即“例先內閣，次各衙門二品堂上官，次三品、次四品”的順序，先由內閣諸位閣老上疏，套路都是一樣的：自陳不職。皇帝的批覆也很套路化，全部“溫言慰勉，不允辭”。
等到“各衙門二品堂上官”自陳時，高務實便也上了自陳不職疏。
“戶部尚書臣高務實謹奏：
爲自陳不職，乞賜罷黜以肅察典事。吏部諮，準吏部諮。該本部爲遵舊例嚴考察以勵庶官事，內開京官考察四品以上例該自陳，其各衙官員本部會同都察院考察，仍行南京一體查照施行等。
因題奉欽依，備諮到臣，除北京例該考察官員，欽遵會同考察具奏外，臣例該自陳。
臣系河南新鄭官籍，萬曆八年蒙錄爲進士。初爲翰林院修撰，以主筆會典功得重；因初仕不謹，外放廣西巡按；以平土司亂及撫平安南迴任；出使土默特，賴皇上洪福，擊圖們、俘辛愛，擢遼南兵備；以遼南大捷，擢遼東巡撫；年後回京，任戎政侍郎；今年初，以西北戰事故，任七鎮經略，督軍往定；亂平回朝，改任今職。
臣之被遇鴻私，先今不次，如此高天厚地，莫知所報，頻年依戀，亦欲矢竭渭塵。畢志桑榆，空抱朴忠，短長蔑睹，則有曲士之致，信無當於受大也。