此時在江浙一帶活躍着的會黨組織，大部分都來源於天地會，是諸多的抗清勢力，在鬥爭失敗後保留下來的祕密組織。
因爲有相近的目標，這個時候，會黨組織便成了革命黨人的堅定同盟軍。
蔡元培很注重動員了浙江一帶的會黨人士加入光復會，如徐錫麟等人，從而壯大反清的力量。
光復會積極開展祕密反清活動，上海、嘉興、紹興先後是它的活動中心，在日本以及南洋都有很大的影響力。他們通過辦報紙、設學校等方式，宣傳革命思想，培養革命青年，同時，聯絡會黨，運動新軍，準備開展武裝革命。
紹興人的明智與能幹的特質，也體現在光復會的這些骨幹們身上。徐錫麟運用親戚的社會關係迅速打入官場，掌握起槍桿子的實權。秋瑾在督辦大通學堂時，表面上與紹興官方打得火熱，開學典禮還請知府來講話。陶成章努力運作，使浙江會黨勢力日益強大。光復會會員最初只有四五十人，到1905年初增至六七百人。
有句俗話說“秀才造反，三年不成”，??其意是說知識分子不滿現狀，有所抗爭，但又軟弱膽小，搖擺不定，做不成大事。
到了蔡元培這裏，這個詞就要升級了，不是“秀才造反”，而是“翰林造反”了。??“秀才造反”是“軟弱膽小，搖擺不定”，但蔡元培的這個“翰林造反”可是雄猛而剛烈。
當時蔡元培的個人聲望，對於擴大光復會在國內的影響起到很大的作用。一時間，蔡元培成了中國東南地區革命活動的核心人物。這一時期，經蔡元培介紹加入光復會的，有黃炎培、秋瑾、柳亞子、劉師培、馬宗漢、李燮和、孫毓筠等人。
黃炎培曾說過：“民國成立前七年乙已秋，吾師忽召至其寓廬，鄭重而言曰：‘我國前途至危，君知之矣。諸強虎視於外，清廷魚爛於內，欲救亡，舍革命無他道。君謂然乎？’
“則敬答曰：‘然。’
“曰：‘欲革命，須有組織。否則，力不集，事不成。今有會焉，君亦願加盟乎？’
“則敬答曰：‘苟師有命，何敢不從。’
“期以某日深夜宣誓，出誓文，中有句：‘建立民國，平均地權，驅逐韃虜，光復中華。’吾師即指‘平均地權’句說明其理由。小子卒在吾師之前，宣誓加盟焉。”
這一段回憶，栩栩如生地再現了當時場景：文雅瘦弱的蔡元培把堅定的目光投向學生黃炎培，詢問他願不願意投身救亡革命。而黃炎培則在老師的感召之下，既恭敬又慷慨地回答，老師的命令，後生小子怎麼敢不聽？
這時的蔡元培，極力要乾的是就是推翻滿清封建王朝。他所從事的各種社會活動，都是從反封建的革命需要出發的，與當時整個革命的發展形勢相一致，他的活動成爲中山先生所主導的革命的重要組成部分。
雖然同樣是幹革命，比起那些會黨首領的粗質豪爽，以及年輕學生的奔放熱情，蔡元培終究是要多幾分書卷氣。
“元培德行有餘，而方略頗短，性又好學，不耐人事煩擾。”光復會黨創始人之一的陶成章，曾這樣形容身爲光復會會長的蔡元培。
這或許是書生鬧革命的一個側影吧，既有捨生而取義的節操、高絕的理念，但卻不太諳於實務，善於把握宏觀的大方向，一到具體細緻的工作又有點兒撓頭。但是，蔡元培儒厚的風格、赤誠的人格和親和力已經足以使他得到諸多同志們的敬重了。
北大學者張寄謙曾這樣評價蔡元培：“縱觀晚清數十年間，以名翰林而毅然拋棄前程、背叛本階級、投身推翻清朝的革命，以後又能畢生堅持愛國事業的，僅蔡元培一人而已。”
再放大里說，自唐代迄於清代，1200多年間科舉制度下產生的翰林何其多。但主動參加革命黨，去“革”給予自己身份、名位的封建秩序之命的，除了蔡元培，數不出第二人。於是，這一問題，引發了諸多思考。
亡國滅種的危機無時無刻不刺激着心懷天下的有志之士，去探索挽救危亡的出路。但一般而言因各人生活環境、個人經歷和所受教育及社會地位的不同，其所選擇的救亡道路各不相同。
而出身於中下層的新式知識分子，他們改換現實的意願更爲強烈，多奉美國獨立革命、法國革命道路爲楷模，很多人走上“體制外”的激進改革，即暴力革命的道路。
按這個規律說來，蔡元培無疑是一個大大的例外。
蔡元培是以名翰林的身份投身到推翻現政權的暴力革命。前邊說過，在封建社會，取得翰林的身份，也就意味着已躋身統治階層的中上層。在中國傳統社會里，對於一個以光耀門楣爲平生大願的普通讀書人來說，到這般地境幾乎是登頂造極了。尤其自清中葉以後，大學士、軍機大臣、總督、巡撫這些權傾一時的職位多是由翰林出身者擔當。翰林的前途，即使不是督撫重臣，僅僅終老於翰林院也足以譽滿天下。
而蔡元培恰恰是年紀輕輕就具備了這樣的名分。
能在自己正春風得意之時，投身到反清的民主革命中，甚至以文士之身投身革命暗殺活動，這不能不令人慨嘆。或許，越是優秀的知識分子，越能超越自己的身份、名位、時勢來接人處世，就越是具有獨立的人格。蔡元培就是如此。
這也應了恩.格.斯的那句話，最先的抗議往往是從統治階級內部發出的。
在很多人看來，蔡元培能基於大義而跳出自己的身份、名位，從根本上來講，仍然來自於他在儒學薰染下形成的品質，所謂“經世致用”的理念。一般說來當中央政權強大、社會民生平穩安定時，也就是所謂的“治世”，儒士的經世觀念就隱而不彰。而一旦社會危機四伏、專制衰弱、內憂外患紛至沓來之際，治國平天下的經世意識就會被激發出來。這種意識甚至可以使人能夠義無反顧，捨生而取義。
蔡元培所處的時代正是中國社會最激烈動盪、國家最衰微的時代。他的青壯年時期，在中國發生了中法戰爭、甲午戰爭、八國聯軍侵華，以及戊戌變法、義和團運動等足以撼動國本的大事件。風雷激盪的社會狀況強烈激發了蔡元培內心深處的憂患意識，也爲其經世思想的實踐提供了歷史條件。
此一時期，一大批有影響的儒學思想家，如林則徐、魏源、龔自珍、姚瑩、何秋濤等，以治國平天下自許、以挽救民族危亡爲己任，在當時中國思想學術界形成了蔚爲大觀的競相追求新知的盛況，爲蔡元培汲取經世思想提供了豐富的思想養料。
蔡元培受龔自珍影響尤巨。他自1888年即開始研讀龔自珍的著作，“自戊己來，讀定庵先生文，喜而學之”，故反覆閱讀並作詳細讀書札記，對龔自珍的思想、行文風格十分熟悉。龔自珍主張“更法”，蔡元培則強調社會由“據亂世”過渡到“昇平世”，必須有量的積累，也隱含着“更法”改革的要求。時人有評，稱蔡元培可謂當代的龔自珍。
於是，有人說，從表面上看蔡元培很反傳統，實質來看，蔡元培自身的作略，其思想底蘊恰恰來自於儒家學說的薰染。問題就在於，正是蔡元培用自己的人生踐行着儒家的一些內在精神，這恰恰使他對於儒學、中國傳統文化的一些外在的形式不那麼看重，乃至於很快就能堅決地轉到投身革命，以及後來宣揚新知、新文化的隊伍中去。
他骨子裏透出來的擔當和關懷天下、奮不顧身的責任感，不爲個人得失斤斤計較，又謙和而不冥頑，這些都可說的上是儒士風骨的延續。
其實，在筆者看來，蔡元培的“翰林造反”，從根本上說源自兩個方面：從客觀而言，是因爲清王朝所代表的封建專制制度已經進入窮途末日；從主觀而言，則是蔡元培飽覽羣書，厚積而薄發，是長期的學習和思考所做出的選擇。
光復會成立的第二年，即1905年，孫中山、黃興、陳天華等人在日本成立同盟會，比光復會晚了一年。孫中山成立同盟會的原因，是當時中國國內的反清革命團體缺乏統一領導，不能形成合力。鑑於蔡元培的影響，同盟會在成立後，把蔡元培任命爲上海分會會長。蔡元培一時成了同盟會和光復會的雙料會員。
蔡元培這時可沒有考慮自己的小團體利益和宗派，他從革命形勢的大局出發，在接受孫中山的委任後，他便積極地說服光復會同志，化解罅隙，把光復會置於同盟會的領導之下，停止以光復會名義在上海的活動。這就爲中山先生的革命事業平添了一股生力軍，擴大了其在國內的影響。