“窩了一肚子委屈的袁世凱迅速着手反擊，先是趙秉鈞一逢開會就搞失蹤，陸徵祥好像更醉心於疏通外務部門前的下水道。開個內閣會議，不是這個有事，就是那個不到，眼看拆臺之下難以維持，黃興要錢的的電報又接連發來。
畢竟在武昌起義之後南京周圍嘯聚了三十餘萬散兵，都是一副功臣姿態自居，遣散這些人需要錢。沒錢的唐紹儀面對洋人借款時的掣肘，一怒之下決定不借了。
袁世凱接手的本就是個近乎破產的**，用錢地方多了去了，沒錢怎麼行？沒錢怎麼過日子？便指示財長熊希齡繼續與六國銀行協商，這等於明擺着要把唐紹儀踢出局。
“一天，唐紹儀有事要向袁總統報告。一見面袁世凱就沒有好臉，未等唐紹儀把事情講完，便很不客氣地說：‘少川，我已經老了，你就來做總統吧’。唐先是一驚，接着想到，自己在這‘總統府’，已經成了‘不受歡迎的人’了。”
以上的描述肯定是誇大其辭。或許袁世凱身邊的人，卑躬屈膝慣了，有一個堂堂正正的人直立行走，在他們眼中反倒成了另類。
南京臨時政.府和臨時參議院，在急急忙忙制定《臨時約法》時，爲了對袁世凱的權力進行制約，在國體上實際上實行的是“內閣制”，也就是說行政權主要是在內閣。而且《臨時約法》明確，內閣不但要對大總統負責，更要對國會也就是這時候的臨時參議院負責。
唐紹儀已經接受了民主共和思想的唐紹儀，作爲內閣總.理後，嚴格按照《臨時約法》行駛權力，是很正常的事，是在履行職務。肯定地說，唐紹儀真的沒做錯什麼。
但是，袁世凱可不是這樣地認爲。在他看來，他是大總統，他就要說了算。他纔不管什麼《臨時約法》，更不管什麼“內閣制”，想決定什麼就給內閣髮指示，下命令。唐紹儀並不想和哪個人爭奪權力，但涉及到執行《臨時約法》這樣的大事大非當然是不能妥協的。這樣，經常地駁回袁世凱的決策，爲一些問題和袁世凱爭得面紅耳赤，就成了不可避免的事。
受到袁世凱的冷言冷語相待，唐紹儀也很委屈，但他覺得這是沒有辦法的事，堅定地認爲，自己如果不負起責任，就有負大總統的重託。袁世凱可不領他的這份情，只是認定唐紹儀已經不再是他的合作伙伴了，他已經不會再聽從自己了。早已習慣了大權獨攬的袁世凱，費盡心思得來的大總統，豈容自己成爲總.理上面的虛君？
在用人、財政、遵守《臨時約法》規定等方面，唐紹儀和袁世凱看法都不統一。在籌款方面，唐紹儀拒絕英、美、德、法四國銀行團提出監督中國財政的無理要求，讓袁世凱非常不快，同時他也得罪了英美等列強，遭到他們的攻擊。
很明顯，唐紹儀和袁世凱的裂痕已經越來越深，達到了無法彌合地步。直接造成唐紹儀辭職的原因是是任命直隸都督事件。
參議院還在南京時，當時參議院規定各省督撫一律改稱都督，諮議局改省議會，都督由省議會公舉。
直隸代表谷鍾秀、劉若曾等人考慮駐南京第三軍軍長，原廣西副都督王芝祥有些威望，感覺人也不錯，做直隸都督合適，就推薦給唐紹儀。唐紹儀對王芝祥印象也不錯，馬上表示贊成。
南方的革命黨人，覺得這是個好主意，袁世凱不能來南京，在直隸安排個自己人也不錯。事前，唐紹儀徵求過袁世凱意見，袁世凱並沒表示反對。唐紹儀隨即通知了順直議會（包括順天府在內的直隸議會）。直隸議會通過必要的程序，批准了王芝祥任直隸都督的決定。
此決定報到唐紹儀處後，唐紹儀電報袁世凱：“準參議院諮文及各處函電，皆謂本省都督應先由人民公舉，再由大總統委任命，王芝祥既經直人舉爲都督，應請速予發表。”
孫中山也爲此發電袁世凱，請其按照直議會議決案加以委任。請他簽署委任。
當初，唐紹儀請示袁世凱時，袁世凱可能沒太在意，或許也沒認真去想。現在看事情還真這麼辦了，袁世凱不幹了。
直隸是自己的地盤，怎麼可以容外人插足。自己身邊，有一個革命黨人軍政大權在握?，這還了得嗎？所謂臥塌之側，豈容他人酣睡。
於是回覆唐紹儀：“都督由地方公舉，抑由中.央任命，此固爲國會成立後解決問題。但就目前而論，北方三省都督業由本總統委定，決無更改之理。若參議院必欲迫令取消已發之命令，則請先取消本總統之職任。”
從這裏可以看出，中山先生和參議院做爲“緊箍咒”的參議院立法，袁世凱根本不當回事。
任命官員的權力怎麼能放棄！否則，誰還圍着他轉，誰還拿他當回事！不是要他命嗎？
唐紹儀回京後，又和袁世凱談起王芝祥任直隸都督一事，袁世凱似乎並未拒絕，只是表示一時不便公佈。
那麼好的朋友，甚至可以生死相托，既然已經打定主意不辦，爲什麼還不說實話？
可見，袁世凱像許多和他一樣的政客一樣，地位越高，權力越大，疑心也就越大。
何況現在，唐紹儀在他眼裏，已經不是自己人了。
王芝祥到京後，袁世凱表面上對其讚不絕口，請其喫飯，重禮相送，並聘爲高級顧問。暗地裏和段祺瑞、馮國璋等人密商出以其人之道還制其人之身之計。
唐紹儀不是說王芝祥“北洋民意所歸”嗎？就針鋒相對來個“北洋軍意反對”。密令直隸五路軍隊，突然發出反對王芝祥任直隸都督的通電，遍發匿名信，恐嚇主張王芝祥任直隸都督的各界人士。
六月二日，袁世凱同時發出兩個命令，一個是：“都督統轄文武，責任重大，任免之權理宜操自中央”，本省人民不能“隨意迎拒”，並提出要追查請王芝祥任直隸都督的電報是否“系奸人託名擅電”。若是，定當依法嚴懲。
另一命令則是：“斥責”軍人不應“迎拒主將”，“不許軍人干涉政治”。表面上是主持公道，兩邊各打五十大板，實際上真正的用意是把任命王芝祥的任命作廢。
這還不算，袁世凱還提出讓王芝祥出任南京宣撫使，協助黃興，解散部隊。唐紹儀認爲，王芝祥任職一事，關係到民國首任內閣的權力和威信，也關係到《臨時約法》和臨時參議院的權威，如不堅持，將來內閣必定會淪落爲總統府的附屬機關，《臨時約法》必定成爲一紙空文。爲國家民族計，爲民主和共和，不能不爭，不能聽之任之。
因此，拒不接受袁世凱的意見，苦勸袁世凱，尊重約法，不要失信於直隸人民。
袁世凱把話挑明：“王系革命黨人，若使督直，不啻引狼入室，將來他和南方聯合，我們尚有餘地。”
唐紹儀說：“已經答應人家了，前既答應，現在何能食言？”
袁世凱說：“是你答應的，我並未預聞。”
唐紹儀說：“這是責任內閣職權，我要發表。”
袁世凱說：“我不蓋章，就能生效麼？”
袁世凱不給唐紹儀的文件上蓋章，唐紹儀也不給袁世凱的文件上簽字，進行抵制。
六月十五日，袁世凱竟把沒有內閣總理簽字的委任狀發給王芝祥。
按照《臨時約法》，總統命令不經內閣副署，是不能發生效力的。袁世凱這樣做顯然是公然違背《臨時約法》，也是破壞共和的行爲，本應是要受到制裁的。
但參議院多數人把這個事件看成是袁世凱和唐紹儀的個人爭執，沒給予應有的重視，更沒給唐紹儀應有的支持。
只有谷鍾秀等少數人提出了質問，指責袁世凱蹂躪參議院的議決案，以命令取消議決案。
袁世凱辯道：“據《臨時約法》第三十四條，臨時大總統任免文武職員。而南京議決案在《臨時約法》之前，已未採入《約法》之中，當然遵照《約法》，則南京決議案應無效。”
只談《臨時約法》總統有任命文武職員的權力，不談《臨時約法》總統命令沒有內閣副署，不能生效的規定。顯然是對《臨時約法》採取實用主義的態度。用着《臨時約法》了，就拿出來說詞，用不着《臨時約法》就扔到一邊。
而那個唐紹儀爲他力爭的王芝祥也不爭氣，拿着一大筆遠超過實際需要的宣撫費，得到袁世凱提示剩餘部分不必上繳後，覺得這個宣撫使更有油水，屁顛屁顛地去走馬上任了。南京方面好不容易找到的想插進袁世凱一畝三分地的釘子，就這樣又被袁世凱一腳踢了回去。