命令如下：
“前據陸軍總長段祺瑞呈稱：自去冬患病，飲食頓減，夜不成寐，迄至今春，遂致咯血，多方診治，時輕時重。醫言血虧氣鬱，脾弱肺熱，亟當靜養，服藥方能有效，迄今四月有餘，方值國家多故，未敢言病。
“現大局稍就平定，擬請開去差缺，俾得安心調理，冀獲速痊等情。當傳諭少給假期調養。茲據續請開去各項差缺，俾得安心調養，庶獲就痊。
“查自辛亥改革以來，該總長勳勞卓着，艱險備嘗。民國初建，憂患迭乘，數年經營，多資臂助，因而積勤致血衰氣弱，形容羸削，迭於會議之時面諭該總長酌於一星期抽兩三日赴西山等處清靜地方調養休息，以期氣體復強，而該總長以國事爲重，仍不肯稍就暇逸，盡瘁國事，殊堪嘉敬。
“茲據呈請開缺，情詞肫摯，本大總統爲國家愛惜人才，未便聽其過勞，致增病勢，特着給假兩個月，並頒給人蔘四兩，醫藥費五千元，以資攝衛。該總長務以時局多艱爲念，善自珍重，並慎延名醫，詳察病源，多方施治，切望早日就痊，立即銷假。其在假期內如有軍務重要事件，仍着隨時入內會議，以抒嘉謨而裨國計。此令！”
段祺瑞正式解除陸軍總長職務是這年的八月二十九日，與這命令同時公佈的，是正式由王士珍接任陸軍總長的職務。
段祺瑞離職後不久，袁世凱便指使肅政廳彈劾徐樹錚**外軍火浮報四十萬元，免去他陸軍次長職，以田中玉繼任。
袁世凱與段段祺瑞之間，由於段的病假，袁的明令給假種種而惹起許多流言。爭傳二人已正式決裂，而很多跡象也表明此非無穴來風，兩個人之間的問題早已擺在了明處。袁世凱越做作，越啓人疑竇。北洋將領之間未嘗沒有矛盾糾葛，但兔死狐悲，尤其是徐樹錚的被處罰，段祺瑞派系中人更是人人自危。
此地無銀，八月三日段祺瑞發表通電闢謠：
“廿年前大總統在小站練兵時，祺瑞以一武備學生充下級武秩，與大總統素無關係，乃承採及虛聲，立委爲炮隊統帶，升任統制，不數年由千總微秩，擢道員、總兵、副都統各職。及大總統東山再起，祺瑞復見任湖廣總督、六軍總長各職，以大總統知祺瑞之深，信祺瑞之堅，遇祺瑞之厚，殆無可加。
“是以感恩知己，數十年如一目，分雖部下，情逾骨肉。近數年來，祺瑞因吐血失眠，籲懇息肩，乃包藏禍心之某國報紙，以挑撥離間之詭計，直欲誣祺瑞爲忘恩負義之徒，甚至僞造被人行刺之謠，更屬毫無影響，不得不略表心跡以息訛言。”
很多時候，官場是謠言越闢越真。段祺瑞所謂行刺及某國報紙，原來是這樣的：陸軍部曾發生茶役偷置**案，日本報紙有意挑撥，說這是袁世凱欲謀殺段祺瑞的政治陰謀。
北洋軍人都認爲，袁世凱和段祺瑞分家的導火線，是袁克定編練“模範團”觸發的。
袁世凱自小站練兵起，歷來把軍權死死抓在手裏。不過自他當總統後，已經有心而無力。久而久之，袁世凱覺得自己對北洋軍已經失去控制。
加之常有人在他耳邊吹風，說北洋軍的方方面面已經過時，中國急需締造一支新型的軍隊，就像袁世凱當年在小站練兵一樣，所謂從頭再來。
開始，袁世凱沒怎麼動心思，但三人成虎，時間久說得多了，袁世凱便不能不重視了。
在大元帥統率辦事處未成立時，袁克定便經常和德國的丁克滿少校，法國的白禮蘇中校討論軍事學和訓練新軍的問題。
爲了建立起一支更新的新軍，袁克定向袁世凱建議，在統率辦事處下面成立一個模範軍。由大元帥兼模範軍軍長，這個計劃和清末宣統年間攝政王載灃集中兵權於皇室中央，組織禁衛軍而自爲統帥一樣。模範軍預定先成立兩個模範師，中級軍官儘量用留學生，下級軍官則用軍官生和速成生。
原來北洋軍的軍官來源，多是天津武備學堂和北洋各軍事學堂的畢業生，這兩個學堂一直是段祺瑞掌握。
袁克定籌編新軍計劃中，軍官來源改用保定軍官學校和陸軍速成學校的畢業生。保定軍官學校和天津武備學堂一樣，都是在清末創立的。袁世凱爲了牽制段祺瑞，在一次商定保定軍官學校的校長人選時，故意未採納段祺瑞意見，也未和和段祺瑞商量，派素與段祺瑞不睦的蔣方震爲校長。段祺瑞也還以顏色，對保定軍官學校的經費種種，陸軍部常做留難。
袁世凱乃改派蔣方震爲總統府軍事參議。段祺瑞這時還兼總統府軍事處長，仍不肯放過，竟拒發委任狀，搞得蔣方震不能到差。
心機超人的袁世凱，不想太刺激段祺瑞和一般北洋舊人，把新建模範軍縮小爲模範團。模範團的性質與規模都和模範軍不同，它更像是一個軍官訓練團。
派王士珍爲模範團籌備處處長，直隸於統率辦事處。袁世凱深知，用北方人又是北洋宿將來籌備，就可以避免引起北洋舊人的反感。
民國三年十月二十三日，模範團正式成立，團址設在西城旃檀寺。
袁世凱開頭欲讓袁克定當這個模範團的團長。徵求當時的陸軍部長段祺瑞的意見時，被段一口否定，說袁克定怎麼有能力當這個團長？
袁世凱很沒面子，也很不高興，但又無法反駁段的話，因爲段說得是事實。
沒有辦法，袁世凱說：“他沒能力，我有這個能力吧？那就我來當這個團長。”
段祺瑞聽了後自然無話可說，這樣袁世凱就自兼起模範團團長。
曾任赤峯鎮守使的陳光遠爲團副，王士珍、袁克定、張敬堯、陳光遠爲辦事員，團本部設在北海。
袁世凱一個大總統哪有精力管模範團的事，什麼事都委託給了自己的兒子袁克定，於是袁克定就成了不是團長的團長。
模範團成立後，無論待遇還是裝備都遠優於其他部隊，這必然引起北洋軍的其他部隊的攀比和眼熱。常聽北洋軍中人說：這下好了，若有戰事有模範團，沒我們的事了。
更糟的是引來段祺瑞等北洋軍將領的不快，這明顯表示袁家父子已經不相信他們大家，另立新軍以代替北洋軍。
袁世凱以北洋軍爲本錢起家，能穩穩當當的坐在大總統的寶座上，更是因爲北洋軍威震八方。一個模範團能成什麼事？所謂沒等卸磨就欲殺驢，天下還未完全底定，即欲取代北洋軍；這無疑是袁世凱這一生中的又一大敗筆。
模範團成立後，士兵由北洋軍各師下級軍官中抽調。僅駐在上海的第四師就被抽調了四百九十人；又由蔭昌自保定軍官畢業生中抽調直、豫、吉、奉各省籍貫二百八十人爲中下士，以北洋軍各師中的上級軍官爲該團下級軍官。
袁世凱預定模範團分作五期訓練，每期訓練半年，每期可產生四旅的新軍軍官，暫以訓練十師的模範軍官爲目標。
第一期訓練成熟後，袁世凱特設“新建陸軍督練處”，成立拱衛軍步兵四旅，炮兵一團，騎兵一團，機關槍營一營、輜重營一營。模範團的軍火都是購自德國的最精良武器彈藥。
第二期名正言順以袁克定爲團長，陸錦爲團副。
袁克定自作聰明，特挑選一批中學以上學生與各師下級軍官配合訓練，畢業後因程度不夠，僅能成立兩旅。
第一期後來編爲第十一、十二兩師，以李奎元、陳光遠爲師長。第二期人員後來僅編爲第九師一師，以陸錦爲師長。
爲了表示對保定軍官學校的重視，民國三年十月二十七日，保定軍官學校學生舉行畢業典禮時，袁世凱派陸軍上將、總統府侍從武官長蔭昌代表他，前往該校頒發畢業證書。每人頒贈軍刀一把，在畢業文憑簽字的不是該校的校長，而是袁大總統。
袁世凱每星期必乘馬至模範團觀操一次，觀操時必召集軍官訓話，各級軍官升級時一定要到總統府向袁叩頭謝恩。
凡是在模範團受訓的官兵一定要舉行效忠宣誓，誓詞共有八條：“服從命令，盡忠報國，誠意衛民，尊敬長上，不惜性命，言行信實，習勤耐勞，不入黨會。誓願八條，甘心遵守，違反其一，天誅法譴。”
民國四年一月十三日，第一期全體團員均到關岳廟宣誓，袁特派蔭昌監誓，由模範團團副陳光遠宣讀誓詞，每讀一句，全體團員則隨聲朗誦。