將軍府是原內史府，孫恩佔據會稽後，自稱徵東將軍，把內史府的匾額換成將軍府。
孫恩自己也沒想到，領着三四百人從海島登陸，居然鬧出這麼大的動靜來，佔據會稽，八郡響應，可以說揚州大半落入手中。
洋洋得意的孫恩對麾下道：“天下盡在掌握之中，愚當與諸君朝服而至建康。”
認爲大局已定，孫恩上疏給天子，歷數司馬道子父子的罪狀，要起兵清君側，順便做第二個曹操。
可是，清君側的大軍還沒有準備妥當，朝庭平叛的大軍已經南下。
十二月初二，徐州刺史謝琰兵至義興郡，陣斬義興叛首許允之，迎義興郡太守魏隱回城；初五，再攻吳興郡，大破孫恩所任的吳興太守丘汪四萬大軍，收復吳興，丘汪逃走山陰。
劉牢之以情形緊急，謝琰兵力不足爲由，不等朝庭答覆，拜表輒行。
命部將桓寶率三千兵馬先行，其子劉敬宣率三千人馬隨後，兵進曲阿城，十二月初四抵達吳郡無錫，前面便是南下吳郡的門戶虎疁。
相傳秦始皇東巡至吳縣虎丘求劍，于山間見白虎，撥劍刺虎，虎逃至虎兵北的疁田不見，此地便被名爲虎疁(1)。
駐守吳郡的變民首領陸瓌頗有才能，並沒有在無錫和吳縣之間據城而守，而是派出精兵五千嚴守於虎疁。
虎疁左傍南山，右邊是河，視野開闊，陸瓖在通道設寨，又通過河流運送輜重，易守難攻，扼住劉牢之大軍南下之路。
劉敬宣向父親獻策，派出小股輕騎，隱蔽行軍從南山西側迂迴至虎疁後方，切斷敵軍後路，內外夾擊破敵。
劉牢之以劉敬宣爲將，率千騎繞行，抵達南山南端後，劉敬宣派遣參軍事劉裕率五十人偵察敵情。
劉裕從孫無終麾下轉至劉牢之帳下參軍事，雖然孫無終在劉牢之面前極力推薦他，劉牢之並未予以重用，只是在軍中任五品的參軍事，與在將軍府中的司馬同階。
沿着官道往東行出五里，遠遠發現大道上有長長的隊伍，打着長生人的旗號，顯然是孫恩得知北府軍來到，派來增援虎疁的隊伍。
校尉陳昭輕聲道：“劉兄，敵衆我寡，得趕緊向劉將軍送信，以免猝不及防被這夥人纏上。”
劉裕仔細觀察着這夥亂軍，見人數雖多卻衣着雜亂，手中兵器亂七八糟，甚至有手持竹竿、鋤頭的。
略思片刻，劉裕道：“若是躲避，敵軍必然發現我等潛入虎疁之後，南北夾擊之計定然失敗，我等皆是輕騎，乃北府精銳，別看賊人人數衆多，不過是土雞瓦狗爾。”
陳昭倒吸口涼氣，道：“我等雖是精銳，但不過六十人，衝擊兩千多人的大軍，豈不是尋死。”
劉裕沉聲道：“劉將軍就在數裏外，聽到喊殺聲定會趕來增援，我等只要堅持一柱香功夫即可。”
除了這個原因外，劉裕也有自己的打算。他在曲阿城時，聽聞楊安玄再次大破秦軍，救下洛陽城，被世人譽爲謝玄之後的名將。
看看自身，從軍已有十餘年，已經三十有七，年紀比楊安玄大了將近一倍，仍在軍中苦熬着資歷，若不趁時而起，豈甘寂然一生。
孫恩作亂，對他來說是個立功升遷的機會，劉裕絕不肯錯失，再過幾年自己便要年過四旬了。
長刀在手，劉裕高呼道：“兄弟們，隨我殺敵。”
將是兵膽，劉裕率先朝亂民大軍殺去。劉裕平日與諸人相處融洽，見他衝鋒，身後衆人並無人逃離，個個拔刀朝亂民隊伍衝去。
馬速極快，轉眼便衝到亂民面前，長刀揮出，如切瓜砍菜，一路衝殺出數裏。
起初亂民被輕騎衝散，待看清這些輕騎僅有數十人，立時如蟻羣般圍了上來，刀槍亂舉，輕騎的數量逐漸減少。
喊殺聲越來越小，劉裕放眼看去，衝入陣中的袍澤死傷殆盡。
一不小心，戰馬被竹竿捅中，一個嘶跳，將劉裕掀落。旁邊是河岸，劉裕墜落岸下，賊兵圍了過來，有人跳下岸準備殺死他。
劉裕揮舞長刀，一連砍殺七人，嚇得賊兵連連後退，沒人敢再跳下岸。
被數千人所圍，袍澤盡亡，唯死而矣。
生死置之度外，劉裕毫無懼色，揮舞長刀縱聲呼嚎，“哪個上前來領死。”
舉步登岸，朝着圍攏在身旁的賊兵大步奔去。賊人雖衆，見劉裕渾身是血，發瘋般地揮舞着長刀，知道他臨死搏命，不敢與之拼命，紛紛避走。
於是劉裕一個人呼喊着，追逐着數千人，殺意沸騰，戰意焚天(2)。
馬蹄聲由遠而近，劉敬宣聽到喊殺聲率輕騎趕至，衆軍看到一副讓人目瞪口呆的畫面，劉裕一個人追趕着數千大軍，豪氣沖天。
劉敬宣慨嘆道：“劉裕之勇，天下無人能匹。”腦中念頭閃過，這份孤勇大概只有率千五人援救洛陽的楊安玄能比。
看到朝庭兵馬來到，亂民膽氣盡喪，在輕騎的追逐下競相逃命，劉敬宣斬獲千餘人。
劉裕一人驅逐數千人的戰績很快在北府軍中傳揚開來，一戰成名。
劉牢之與劉敬宣父子夾擊虎疁，虎疁守軍大敗；緊接着劉牢之兵陳吳郡，與陸瓌交戰，陸瓖兵敗後逃往會稽。
十二月十六日，謝琰攻陷吳興郡治烏程，劉牢之亦率得勝之師自吳郡南下。
謝琰坐鎮烏程，派府司馬高素率軍與劉牢之在錢塘江北岸會合，準備渡江攻打會稽城。
建康，司馬元顯收到劉牢之攻陷吳郡的消息，張法順建言不宜追究劉牢之擅自出兵之責，索性詔令劉牢之都督吳郡軍事，並將其輔國將軍提升爲二品的前將軍。
劉牢之嚐到了擁兵自主的甜頭，朝庭對手握兵權的將領實際上已經沒有能力約束，只有通過朝庭的名義在官職上加以約束。
會稽城，孫恩得知朝庭兵馬集結在錢塘江之北，安慰麾下道：“我等只要保住浙江，不失爲越王勾(句)踐。”
十二月二十六日，劉牢之率北府軍渡過錢塘江，直逼會稽城。
孫恩聞訊，道：“勝敗兵家常事，逃走算不上羞恥。”
在大軍到來之前，孫恩率領二十餘萬亂民，帶着大量的財物向東撤走。
高素率軍追至山陰，斬孫恩所委吳郡太守陸環、吳興太守丘汪、餘姚縣令沈穆夫等人，首級送往建康示衆。。