首先，楊安玄調陰績、齊恪等人率軍前來潁川，接着對二千潁川郡軍進行篩選，僅留下八百六十人，其他人遣散歸家，以府衙名義命令當地官府給田四十畝。
命陰績、孟龍符等的操練兵馬，楊安玄以廣武將軍的名義再度向縈陽太守陶慶行文，要求縈陽郡在年前將一萬五千石糧食運至許昌城。
陶慶得知許昌城被奪，溫詳等人被軟禁的消息大驚失色，與主簿、司馬商議後，決定一面向朝庭舉報楊安玄一面依言向許昌送去糧食。
好漢不喫眼前虧，若是惹惱了楊安玄，說不定兵臨城下，自己會成爲第二個溫詳。
襄城太守司馬尚之得知楊安玄強佔許昌城，在潁川郡發號施令，立時行文斥責，要楊安玄退出許昌，回新息守孝。
爲防楊安玄向襄城用兵，司馬尚之下令關卡嚴加戒備，同時向朝庭彈劾楊安玄擅自刀兵，暗指楊安玄有不臣之心，要求朝庭嚴懲。
縈陽郡和襄城郡的公文送至京城時，司馬元顯正爲南下平叛的北府軍大敗焦頭爛額。
謝琰死後，司馬元顯派冠軍將軍桓不才、輔國將軍孫無終和寧朔將軍高雅之統率三路大軍南下平叛。
三人皆是沙場宿將，與孫恩作戰吸取了謝琰的教訓，穩步推進，留意孫恩水師偷襲，打了不少勝仗，佔據了上風。
桓不才和孫無終是三品將軍，高雅之雖是四品卻是劉牢之的女婿，麾下將士訓練有素，裝備精良。
司馬元顯下令三人統軍南下平叛時並未命令由誰統率，三人彼此之間便相互猜忌、提防，生恐被別人搶了戰功。
孫恩叛軍經過兩年多的戰事磨練，戰鬥力提升，特別是殺死謝琰後，對北府軍的懼意大減。
朝庭再度派北府軍平叛，孫恩並沒有逃回海島，而是利用複雜的地形和水軍優勢與北府軍周旋，打得有聲有色，戰事陷入膠着。
眼見天氣變冷，高雅之急躁起來，搶先向盤據餘姚的孫恩部發動進攻。
孫恩陳兵甬江平原，利用地勢防禦，與北府軍激戰。孫恩部戰敗謝琰時得到了一些北府軍的輜重，不少人換上了皮甲，拿到了鋒利的刀槍，勇氣倍增，
餘姚北有五磊山，南面四明山，分爲南北屏障，甬江(餘姚江)由西向東從狹長的平原上穿過入海，易守難攻。
孫恩部據險而守，北府軍進展緩慢。桓不才和孫無終見高雅之發動攻擊，生恐戰果落入高雅之之手，相繼加入戰鬥。
看到北府軍傾巢而出，孫恩抓住戰機，命其妹夫盧循率領水師自海上繞道上虞。盧循，東漢盧植後人。
北府軍屯糧山陰，山陰至餘姚必經上虞，盧循忽至，佔據上虞，截斷了北府軍的補給線。
沒有糧食補給，北府軍不戰自潰，孫恩趁機率軍衝殺，北府軍大敗，戰死者十之七八，元氣大傷。
消息傳至建康，京城爲之震動，不少人紛紛離京避亂。
朝庭此時除了中軍之外，唯一能平叛的軍隊只有京口劉牢之的北府軍。
司馬元顯別無選擇，只得加封劉牢之鎮北將軍，都督會稽五郡軍事，率領兩萬北府軍南下平定孫恩。
兩日後，劉牢之率軍到達會稽山陰城。分析戰況之後，劉牢之敏銳地查覺到上虞的重要性，親率三千兵馬坐鎮。
針對盤據在餘姚等地的孫恩叛軍，劉牢之嚴令各縣據城而守，遇叛軍來攻則固守待援。
一靜還有一動，劉牢之派劉敬宣、何無忌、劉裕等將領齊頭東進攻打餘姚等城，收復失地，壓縮叛軍的空間。
劉牢之嚴令不準突進，進攻的隊伍彼此響應，遇敵則互相支援，這讓孫恩深感棘手。
與北府軍交戰不勝，誘敵不成，水師偷襲無路，孫恩被逼得節節後退。
半個月後，被逼得走投無路的孫恩，不得不再次率軍從浹口出海，退回海島。
劉牢之命吳郡內史袁崧於滬瀆興建城壘，於水中遍插竹籤防禦孫恩捲土重來。又命參軍劉裕駐防句章，時年三十七歲的劉裕終於得以獨鎮一方。
得勝捷報奏到京城，司馬元顯欣喜若狂，認爲擊敗孫恩是自己運籌帷幄、決勝千里之功。
祠部侍郎史平得到授意，上疏請天子下詔，任命司馬元顯都督十六州軍事，兼領徐州刺史，加封司馬元顯三歲的兒子司馬彥璋爲東海王。
東晉名義上分十七州，都督十六州軍事，除了寧州都在司馬元顯的都督軍事之內，這與其父司馬道子的都督中外諸軍事只差一點了。
原徐州刺史謝琰死後，朝庭尚未任命新的刺史，司馬元顯兼領徐州刺史，想讓劉牢之駐兵會稽，將留守京口的北府軍控制在自己手中。
自奪父權以來，司馬元顯驕橫日盛，一是大興土木爲自己建造府邸，二是以自己“德隆望重，既錄百揆”，令公卿皆拜；現在又都督十六州軍事、兼領徐州刺史，封子爲王。
臨湘侯府，車胤與江績對坐飲酒，談及朝政兩個老頭不時地搖頭嘆息。
“歷陽以南，桓玄割據江、荊、雍三州，歷陽至石頭城之間，譙王專擅，京口和三吳被劉牢之所控，朝庭政令，除了建康城怕是沒有哪裏再遵奉了。”車胤重重地一墩酒杯，嘆道。
江績瞪了一眼車胤，道：“你的那個弟子也不是好東西，以潁川、縈陽不助募兵爲由，擅自興兵奪取許昌城，威逼縈陽太守陶慶資助軍糧。襄城、潁川、縈陽三郡的彈劾奏章已經送到御史臺，老夫要向天子陳奏，治罪於他。”
車胤怒道：“江老兒，你怎麼是非不分啊。安玄奉五兵部之命募軍，你也知曉。襄城幾郡不聽朝庭命令，阻擋募後在前，不給輜重在後，分明有意爲難，安玄無奈才前往潁川就食。”
江績斜了一眼車胤，罵道：“車老兒，愚看你是老糊塗了，事涉你的弟子便要偏幫。楊安玄爲何不依律行事？說一千道一萬，楊安玄佔據許昌城不走，就是心懷不軌。”
車胤爭辯道：“安玄募兵是爲朝庭效力，若循規蹈紀行事，不知何日方能成事。江老兒，你且等上一段時日，若是楊安玄真懷有異心，老夫也不能容他，必將他逐出門牆。”
江績沉吟片刻，道：“也罷，就待年後再說。車老兒，還不倒酒。”
車胤替江績滿上酒，嘆道：“司馬元顯專擅亂政，朝堂之上多是趨炎附勢之徒，你我不能坐視不理啊。”