第二個方面，明朝承襲元朝在東北的統治後，在中樞與地方少民的統屬關係方面，採取了“給與印信，自相統屬，打圍放牧，各安生業，經商買賣，從便往來”的政策。
這種以各部酋長統攝其族的措施，一方面能使諸部自相統屬，主持本部事務、發展本部經濟，收到“打圍放牧，各安生業”的實效；另一方面卻形成了“每村每寨爲主，每族爲長”的無數大大小小的分散於各地的地方勢力集團。
這些集團通過獲得明廷的敕書，享有各自獨立的政治經濟權益，於是政治經濟上的特殊利益又將他們與明朝的統治緊密地連結起來，因此任何改變這種現狀的努力，勢必遭到激烈的反抗。
在原歷史上，史學界通常認爲萬曆十六年的努爾哈赤已經完成了建州女真本部的統一，但從明實錄有關建州女真各衛朝貢的記載情況看，其內部反對努爾哈赤的鬥爭並未結束。
反對者以朝貢爲紐帶，繼續加強與明廷的政治聯繫，試圖憑藉明廷的力量堅持與努爾哈赤抗衡。從萬曆十七年起至萬曆二十三年，明確記載建州左右衛都督和都指揮進京朝貢的達四起之多。
更重要的是來自朝鮮的記載，申忠一在萬曆二十四年正月的書啓中，在談到建州女真的內部局勢時，引用馬臣的話說“凡衛三十，而投屬者二十餘衛”。可見截止萬曆二十三年末，努爾哈赤尚未完全控制建州女真本部。
這就充分說明了明廷在建州女真中的政治影響是根深蒂固的。各衛首領與明朝統治者的根本利害的一致性，決定了反兼併戰爭的長期性、激烈性、複雜性。這種有形和無形的力量，支配着人們的心理，左右人心的向背，就連投奔努爾哈赤的人，也不得不付出重大的代價。
史載，萬曆十六年雅爾古部長息拉瑚來歸時就先幹了一件事：“殺兄弟族長”。而同年何和理率衆來歸時，其前妻也“掃境而出，欲與之戰”。其鬥爭之激烈，是利益衝突的集中表現，也反映了是非去從的根本對立。這就是努爾哈赤起兵之初，政治上處於十分孤立的原因所在，這也是女真內部擁明派的政治基礎。
第三點則是由於女真各部經濟發展的不平衡，所以任何通過武力的兼併，必然遇到武力的反抗。十六世紀末，女真各部經濟發展很不平衡，在靠近先進的遼東地區，有些部落已出現了新的生產關係，但大多數部落仍然停留在氏族公社階段，使即先進的部落也依然頑強地保留着氏族制的殘餘。
什麼是氏族制的殘餘呢？例如萬曆十二年，當努爾哈赤第一次欲乘機吞併董鄂部時，諸將以“兵不可輕入他人之境”相諫，這就是當時典型的女真氏族制殘餘思想，即現有的社會秩序不可輕易打破。
雖然由於經濟的發展，在建州女真中已經出現了聯合的趨勢，底層民衆開始有了對統一的期盼，但“統一”的思想並沒有被所有人普遍接受——尤其是上層貴族，他們作爲女真的統治階級，更不會允許這種改變出現。
正因如此，纔會有萬曆二十一年六月，葉赫、哈達、烏拉、輝發四部聯軍，對努爾哈赤實行的第一次軍事打擊出現。而在這次打擊未能達成目的之後，同年九月，葉赫、哈達、烏拉、輝發又聯合蒙古等九部之兵，對努爾哈赤採取先發制人的軍事行動。
這些舉動都說明了保持現有政治、經濟生活的穩定性、合法性，仍是當時人們普遍接受的原則和爲之奮鬥的共同目標——最起碼是掌握各部政權、軍權的貴族們的共同目標。而這也正是女真內部擁明派賴以生存和發展的土壤。
戰爭激劇地改變了人們的政治、經濟地位，“前則一任自意行止，亦且田獵資生，今則既束行止，又納所獵，雖畏彼不言，中心豈無怨苦？”而且廣大諸申即女真一提起沉重的徭役負擔，都“頗有怨苦之狀”。
這甚至導致在薩爾滸之戰努爾哈赤大勝之後，局面仍是“奴中大小莫不仰望和事之成，惟以無事不戰爲自中大幸”。這纔是女真羣衆及中下級首領對待戰爭的根本態度。
什麼意思？簡而言之，就是大明憑藉它政治、經濟、軍事上的力量，在女真各部的上層分子中，影響和扶持了一批特殊勢力集團，這些集團經濟上政治上的特殊利益，決定了他們與明廷保持着千絲萬縷的聯繫。
高務實發現，舒爾哈齊作爲反對派的代表人物，他與努爾哈赤的矛盾衝突，是經歷了一個複雜的發展過程的。尋其活動的軌跡，不難發現舒爾哈齊的思想具有兩重性，即是進取與保守的統一體。
當他處於被統治的地位時，他的進取思想曾驅使他“自幼隨徵，無處不到”，成爲努爾哈赤“復祖父之仇”的同路人，併爲建州女真的統一大業立下了汗馬之功，被努爾哈赤譽爲“達爾漢巴圖魯”英雄。
但舒爾哈齊的思想不是一成不變的。隨着軍事征戰的勝利，舒爾哈齊的政治地位和軍事實力也在不斷增長。原歷史上的萬曆十五年年六月，努爾哈赤於費阿拉稱王，舒爾哈齊亦同時稱船將——所謂“船將”也就是俗稱的“掌舵者”。也就是說從這時開始，舒爾哈齊已經成爲努爾哈赤政治軍事集團的第二號人物。
萬曆二十三年，舒爾哈齊摩下精兵已發展到五千餘名，文臣宿將多達四十餘人。此時，舒爾哈齊以“有戰功”而聞名於諸部，因“得衆心”，身望高居於諸弟子侄之上。
隨着地位的改變，進取思想和保守思想，便你抑我揚，此消彼長。萬曆二十三年和萬曆二十五年，舒爾哈齊兩次進京朝貢，得到明廷的特別優撫，給予了與努爾哈赤同等的政治待遇和禮遇。
這讓舒爾哈齊事實上已經登上了大明建州衛女真的第二號首領的政治寶座，且意外地叩開了幸福之門。於是，他青年時期的昂揚鬥志和進取精神便逐步退隱，各種因襲勢力和傳統思想的影響則乘勢而入。
舒爾哈齊開始在現有社會秩序的格局中徘徊摸索，這就意味着他與努爾哈赤同路人的關係已宣告結束。在同努爾哈赤以及與自己的進取思想告別以後，舒爾哈齊在傳統思想和現實政治外界壓力的雙重壓力下繼續後退，成了現實生活的保守者。
爲了立於不敗之地，舒爾哈齊毫不動搖地稱臣明廷。萬曆三十四年十二月，在努爾哈赤“連續二年不肯進貢”的情況下，舒爾哈齊第三次入京朝貢。而明廷再次確認了他的都督、都指揮的政治身份。
在大明的不斷拉攏下，舒爾哈齊的思想也在發生激劇地變化，一種擁明自立的慾望與日俱增，對明廷的忠誠已經達到了“向來中國宣逾，無不聽從”的程度。
與此同時，舒爾哈齊還積極發展與烏拉的關係。萬曆二十四年、二十六年和三十一年，曾先後三次與布佔泰聯姻，其政治影響已逾越了部落的屏障，實力也大大加強。在建州女真內部，舒爾哈齊也因“得衆心”，終於成了與努爾哈赤抗衡的一支主要力量。
由於思想上的分歧，舒爾哈齊與努爾哈赤的政治關係則日益緊張。“在國家大政中”不時發生激烈爭吵。
政治上的對立，必然導致軍事上的不合作和對立。史載萬曆二十七年九月，努爾哈赤率兵徵哈達。在如此重大戰役中，舒爾哈齊先是“按兵不戰”，繼而又“填擁於前”，致使努爾哈赤陷入被動挨打之境地，“軍士多被傷者”，這與其說是消極，倒不如說是對立。
又如萬曆三十五年三月，努爾哈赤命舒爾哈齊等率兵取烏拉所屬蜚悠城，舒爾哈齊偏袒烏拉、消極對抗的態度已十分明顯，他先是欲退兵不戰，後又滯留不追。
戰鬥結束後，工於心計的努爾哈赤以“抗命”罪欲誅舒爾哈齊所屬二臣，削其力量。舒爾哈齊則立即“攤牌”，以“誅二臣，與我死無異”的強硬態度，迫使努爾哈赤作出讓步。至此，其兄弟關係終於走到勢同水火的地步。
如今這一世界裏，時間還只是萬曆十六年年初，而且去年因爲蝴蝶效應的關係，努爾哈赤先是因爲與圖們勾結而被大明警告，現在又因入侵董鄂部而遭到討伐，所以並沒有來得及稱王，因此他們二人在女真內部依然是“寧古塔大貝勒”、“寧古塔二貝勒”的身份。
然而，這並不妨礙舒爾哈齊思想的轉變比原歷史上更快。
因何而快？當然是因爲大明對他的支持遠比原歷史上更給力。
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