如此一來，自高敬命、趙憲、靈圭等人相繼戰死錦山之後，全羅、忠清、慶尚三道各地義軍盡皆憤慨，隔三差五便零散行動或集結進兵，前赴後繼向錦山發動進攻。
小早川隆景本想以錦山作爲攻佔全羅道之據點，卻意外發現自己居然成了衆矢之的，反而導致被困於錦山城中，連日——哦不對，是連月以來疲於防守，這般情況實在令這位日軍智將也深感頭疼。
而慶尚道的毛利輝元第七軍則在剿滅義軍中進展不佳，甚至搞得軍師黑田官兵衛親自從漢陽趕至慶尚道予以援助。
黑田官兵衛瞭解了當地戰況之後，請毛利輝元大遣諸將分佈各城、收攏民心。至於黑田官兵衛自己，他則親領三千精銳，先後於各城設誘敵之計，故意示弱，誘導零散義軍入圍斬殺，再安撫百姓，直至地方穩固。
同時，他一併令吉川廣家領軍一萬，緊盯郭再佑所部，步步推進，壓縮其游擊區域，聯合第九軍逼迫郭再佑等各部義軍退至晉州。
在這一階段中，日軍陸上的表現大抵如此，接下來該說一說海上方面了。
卻說自李舜臣在與日軍的海戰中連戰連捷，豐臣秀吉得知後勃然大怒，嚴令水軍大將九鬼嘉隆反擊李舜臣。
九鬼嘉隆其實現在一個頭兩個大，原因是他既肩負海運線路保障，但又無法調集日軍水軍的主要戰力。此時日本水軍真正的主力一直留在大坂附近，用以防備尚未與日本“達成協議”的北洋海貿同盟關東艦隊突襲大坂城，畢竟大坂纔是豐臣秀吉的老巢，大坂若是有失，他九鬼嘉隆滅族只怕都是輕的。
九鬼嘉隆無奈，只好請脅坂安治率水軍運輸艦隊主力七十三艘戰船出戰，另外又請加藤嘉明、藤堂高虎率隊從旁策應。
脅坂安治傳見部將脅板左兵衛、渡邊七衛門、直鍋佐馬允三人議事。會上，脅坂安治道：“李舜臣那廝令我水軍威名掃地，此次太閣殿下已經下達嚴令，務必殲滅朝鮮水軍！此戰，我七十三艘戰船分爲三隊齊頭並進，你們各領一隊，先在巨濟島集結，等待戰機。”
脅板左兵衛對戰況頗爲憂慮：“太閣殿下嚴令自然可畏，但我水軍主力此時不能輕離大坂，朝鮮所造之龜船卻又不可小覷。自目前爲止，尚無有效的應對策略。
我等此前私下都曾商議，若要破他那龜船，非得從北洋海貿同盟購得的那批鉅艦不可，甚至還需要爲那些鉅艦加裝和明人鉅艦一樣的大量大筒(火炮)，但如今這些都沒有，此番再戰之時必對我方造成麻煩。”
渡邊左兵衛亦同有此慮：“是的，九鬼殿下，眼下我軍戰船都是原有的老船，十分缺少大筒，戰法只得以接弦爲主，而相較朝鮮水軍其他將領，這李舜臣指揮得當，若兩軍船隊規模相當，恐怕勝負難料。”
直鍋佐馬允見二人如此頹廢，極爲不滿，對二人道：“二位怎麼變得如此懦弱？莫非我們毫無優勢不成？我還偏就不信了，這朝鮮龜船射不穿、打不爛？朝鮮水軍的大筒可不是明人的大筒，就憑他們那些大筒便能決定勝負？我認爲關鍵仍然在於我軍的佈陣謀劃，需從一開始便完全掌握局勢！”
這一來，也就導致朝鮮的火炮水平一貫較低，雖然相比於此前一直專著鐵炮(火繩槍)而幾乎沒有怎麼發展大筒(火炮)的日軍要強一點，但也就是“有勝於無”的差別。
按照此時日本水軍將領們的想法，這個問題要解決其實也不難，只要大坂城那邊的新艦隊開過來就行，畢竟那些從京華購買或者改進的鉅艦本來都是有火炮的，現在面對龜船這一之前未曾料到的大敵，只要把走私得到的火炮裝到鉅艦上，自然就能克敵制勝。
然而這個問題其實沒那麼簡單，因爲從京華走私得到的火炮其實早已有了去處，大體上有兩個主要方向：一是劃撥給了陸軍方面，這個不必多解釋，總之陸軍拿走了大概六成；
二是用來構築大坂城防。大坂城現在說一句固若金湯恐怕不是開玩笑，至少其在日本而言，城防能力一定已經超過了前幾年被拿下的小田原城，因爲從大明走私得到的火炮有三成都直接用在了大坂城的城防體系之上。
至於剩下的那一成，自然裝在船上——也就是還在大坂城，在那支用來拱衛大坂灣的“新艦隊”船上。這事兒怎麼說呢，雖然這導致了“新艦隊”的火炮其實也明顯太少，但至少它們有新式火炮，集中使用的話，打掉李舜臣手裏那有限的龜船肯定問題不大。
可惜無論怎麼說，這些火炮九鬼嘉隆現在肯定拿不到，他甚至根本沒敢向豐臣秀吉提出自己有這樣的需要。
而此時，脅坂安治見直鍋佐馬允說到這個地步，也霍然起身，狠狠地道：“沒錯，不可被敵人迷惑心智，我軍集結七十三艘戰船這樣龐大的力量，爲的便是要與朝鮮水軍決一死戰！
朝鮮水軍雖設大筒，但轉向及航速皆不及我軍，其所謂的龜船也不過寥寥數艘。此戰我軍分成三隊，一旦開戰，必可利用我軍航速優勢包圍敵船，突入敵陣，有效打亂朝鮮部署，繼而接弦作戰，使朝鮮水軍的火炮投鼠忌器！
諸君，我們要搶奪朝鮮戰船及其大筒，然後編入我軍船隊，如此則朝鮮水軍再非我等敵手。再者說，九鬼殿下爲應對朝鮮龜船，已調來由明國工匠改良之後的鐵甲安宅船日本丸作爲祕密武器！
現在，我水軍船隊已集結於釜山待命，區區龜船，我看他們還是去做縮頭烏龜爲好，否則吾必殺之！”
既然主將都這樣說了，三人也只得接受，考慮到無論如何還有一艘“明制安宅新船”鎮場子，大家對於脅坂安治誓殺李舜臣的話多多少少也還抱有一定希望。於是，日軍水軍完成戰前動員，開始行動起來。
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